R语言 Repitools包 processNDF()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

processNDF(Repitools)
processNDF()所属R语言包：Repitools

                                        Reads in a Nimblegen microarray design file (NDF)
                                         读取中NimbleGen的芯片设计文件（NDF的）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a Nimblegen microarray design file (NDF file) which describes positions and sequences of probes on a Nimblegen microarray.
读取1 NimbleGen的芯片设计文件（NDF的文件），它描述了立场和NimbleGen的芯片上的探针序列。


用法----------Usage----------


processNDF(filename = NULL, ncols = 768)



参数----------Arguments----------

参数：filename
the name of the Nimblegen microarray design file
NimbleGen的芯片设计文件的名称


参数：ncols
the number of columns of probes on the array - must be the same value as will be passed to loadPairFile or loadSampleDirectory. The default works for 385K format arrays.
探针阵列上的列数 - 必须是相同的值将传递给loadPairFile或loadSampleDirectory。默认为385K格式阵列。


Details

详情----------Details----------

Reads in a Nimblegen microarray design file. This enables the reading in and annotation of Nimblegen microarray data files (pair files).
读取中的NimbleGen芯片的设计文件。这使得在阅读和NimbleGen的芯片数据文件（一双文件）的注释。


值----------Value----------

a data frame containing
一个数据框包含


参数：chr
the chromosome the probe was designed against
染色体的探针设计对


参数：position
the position of the sequence the probe was designed against (probe centre)
序列中的位置探针旨在反对（探针中心）


参数：strand
the strand the probe was designed against
链的探针设计对


参数：index
the index (x y position) the probe occupies on the array
指数（XY位置）探测器阵列上占据


参数：sequence
the actual DNA sequence synthesised onto the array
实际到阵列合成的DNA序列


参数：GC
the percent GC content of the probe sequence
％GC含量探针序列


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

loadSampleDirectory, loadPairFile
loadSampleDirectory，loadPairFile


举例----------Examples----------


# Not run[不运行]
#[]
## Read in the NDF file [＃在NDF文件阅读]
# ndfAll &lt;- processNDF("080310_HG18_chr7RSFS_AS_ChIP.ndf")[ndfAll < -  processNDF（“080310_HG18_chr7RSFS_AS_ChIP.ndf”）]
#[]
## Subset the NDF to only probes against chromosomes[＃子集的NDF的对染色体只探针]
# ndf &lt;- ndfAll[grep("^chr", ndfAll$chr),][NDF < -  ndfAll [grep的（“^ CHR”，$ CHR ndfAll），]]

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