R语言 Repitools包 makeWindowLookupTable()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeWindowLookupTable(Repitools)
makeWindowLookupTable()所属R语言包：Repitools

                                        Using the output of 'annotationLookup', create a tabular storage of the indices
                                         使用“annotationLookup”输出，创建一个表格存储指数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To allow easy access to the probe-level data for either a gene, or an area of the promoter (over all genes), this routine takes the output of annotationLookup and organizes the indices into a table, one row for each gene and one column for each region of the promoter.
允许方便地访问任何一个基因，或面积超过所有的基因）的启动子（探针级别的数据，这个程序需要输出annotationLookup和组织成一个表的索引，每一个行基因，并为每个子区域的一列。


用法----------Usage----------


  makeWindowLookupTable(indexes = NULL, offsets = NULL, starts = NULL, ends = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：indexes
a list of indices, e.g. indexes element from annotationLookup output
名单的指数，例如indexesannotationLookup输出元素


参数：offsets
a list of offsets, e.g. offsets element from annotationLookup output
偏移，例如列表offsetsannotationLookup输出元素


参数：starts
a vector of starts
一开始的向量


参数：ends
a vector of ends
的两端向量


Details

详情----------Details----------

The vectors starts and ends (which should be the same length) determine the number of columns in the output matrix.
向量starts和ends（这应该是相同的长度）确定输出矩阵中的列数。


值----------Value----------

A matrix with rows for each gene and columns for each bin of the promoter.  NA signifies that there is no probe in the given distance from a TSS.
一个matrix每一个基因的行和列，每个发起人的bin。 NA意味着有没有探针，在给定的距离，从一个TSS。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参见----------See Also----------

annotationLookup
annotationLookup


举例----------Examples----------



# create example set of probes and gene start sites[创建例如一套探针和基因起始位点]
probeTab <- data.frame(position=seq(1000,3000,by=200), chr="chrX", strand = '-')
genes <- data.frame(chr="chrX", start=c(2100, 1000), end = c(3000, 2200), strand=c("+","-"))
rownames(genes) <- paste("gene",1:2,sep="")

# Call annotationLookup() and look at output[致电annotationLookup（），并期待在输出]
aL <- annotationLookup(probeTab, genes, 500, 500)
print(aL)

# Store the results of annotationLookup() in a convenient tabular format[储存在一个方便的表格格式的annotationLookup（）的结果]
lookupTab <- makeWindowLookupTable(aL$indexes, aL$offsets, starts=seq(-400,200,by=200), ends=seq(-200,400,by=200))
print(lookupTab)


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