R语言 Repitools包 loadSampleDirectory()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

loadSampleDirectory(Repitools)
loadSampleDirectory()所属R语言包：Repitools

                                        A routine to read Nimblegen tiling array intensities
                                         一个例程来读的NimbleGen平铺阵列强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads all files in Nimblegen pair format within the specified directory, returning log2 intensities of probes referenced by the supplied ndf data frame.
读取指定的目录内的NimbleGen对格式的所有文件，返回所提供的NDF数据框中引用的探针强度的log2。


用法----------Usage----------


loadSampleDirectory(path = NULL, ndf = NULL, what="Cy3", ncols = 768)



参数----------Arguments----------

参数：path
the directory containing the pair files to be read.
对目录包含文件被读取。


参数：ndf
a data frame produced by processNDF.
一个数据框生产processNDF。


参数：what
specifies the channel(s) to be read in - either Cy3, Cy5, Cy3/Cy5, Cy5/Cy3, Cy3andCy5, Cy5andCy3.
指定要读入通道（S） - 要么Cy3，Cy5，Cy3/Cy5，Cy5/Cy3，Cy3andCy5，Cy5andCy3。


参数：ncols
the number of columns of probes on the array - must be the same value as used in processNDF. The default works for 385K format arrays.
探针阵列上的列数 - 必须在processNDF使用相同的值。默认为385K格式阵列。


Details

详情----------Details----------

Reads in intensities of all arrays contained within path. The parameter what determines which fluorescent channels are read, and how the are returned. Cy3 and Cy5 return the log2 intensity of the specified single channel. Cy3/Cy5 and Cy5/Cy3 return the log2 ratio of the two channels. Cy3andCy5 and Cy5andCy3 return the log2 intensity of both channels in separate columns of the matrix.
读取包含在path所有阵列的强度。参数what确定哪些荧光通道读取，以及如何被返回。 Cy3和Cy5返回指定的单声道的log2强度。 Cy3/Cy5和Cy5/Cy3返回的log2两个通道的比例。 Cy3andCy5和Cy5andCy3返回的log2强度的两个通道中单独列的矩阵。


值----------Value----------

a matrix of log2 intensites, with the same number of rows as the supplied ndf and depending on the value of what either one or two columns per array.
一个matrix的log2 intensites，与相同数量的行提供的ndf和what每个阵列一个或两个列的值而定。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

loadPairFile for reading a single pair files. processNDF
loadPairFile一个单一的对文件进行读取。 processNDF


举例----------Examples----------


# Not run[不运行]
#[]
## Read in the NDF file [＃在NDF文件阅读]
# ndfAll &lt;- processNDF("080310_HG18_chr7RSFS_AS_ChIP.ndf")[ndfAll < -  processNDF（“080310_HG18_chr7RSFS_AS_ChIP.ndf”）]
#[]
## Subset the NDF to only probes against chromosomes[＃子集的NDF的对染色体只探针]
# ndf &lt;- ndfAll[grep("^chr", ndfAll$chr),][NDF < -  ndfAll [grep的（“^ CHR”，$ CHR ndfAll），]]
#[]
## Read in a directory of pair files, returning both the Cy3 and Cy5 fluorescence in separate columns[＃阅读中对文件的目录，在单独的列返回Cy3和Cy5荧光]
# arrayIntensities &lt;- loadSampleDirectory("Arrays", ndf, what="Cy3andCy5")[arrayIntensities < -  loadSampleDirectory人（“阵列”，NDF，什么“Cy3andCy5”）]
#[]

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