R语言 Repitools包 loadPairFile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

loadPairFile(Repitools)
loadPairFile()所属R语言包：Repitools

                                        A routine to read Nimblegen tiling array intensities
                                         一个例程来读的NimbleGen平铺阵列强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a file in Nimblegen pair format, returning log2 intensities of probes referenced by the supplied ndf data frame.
读取的NimbleGen对格式的文件，返回所提供的NDF数据框中引用的探针强度的log2。


用法----------Usage----------


loadPairFile(filename = NULL, ndf = NULL, ncols = 768)



参数----------Arguments----------

参数：filename
the name of the pair file which intensities are to be read from.
予以强度的对文件的名称。


参数：ndf
a data frame produced by processNDF.
一个数据框生产processNDF。


参数：ncols
the number of columns of probes on the array - must be the same value as used in processNDF. The default works for 385K format arrays.
探针阵列上的列数 - 必须在processNDF使用相同的值。默认为385K格式阵列。


Details

详情----------Details----------

Reads in intensities from the specified pair file, then matches probes against those specified in the supplied ndf.
在强度从指定对文件的读取，然后对提供的NDF指定的探针匹配。


值----------Value----------

a vector of log2 intensities, the number of rows of the supplied ndf in length.
vector的log2强度，行所提供的ndf长度。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

loadSampleDirectory for reading multiple pair files with the same ndf. processNDF
loadSampleDirectory多个具有相同NDF对文件阅读。 processNDF


举例----------Examples----------


# Not run[不运行]
#[]
## Read in the NDF file [＃在NDF文件阅读]
# ndfAll &lt;- processNDF("080310_HG18_chr7RSFS_AS_ChIP.ndf")[ndfAll < -  processNDF（“080310_HG18_chr7RSFS_AS_ChIP.ndf”）]
#[]
## Subset the NDF to only probes against chromosomes[＃子集的NDF的对染色体只探针]
# ndf &lt;- ndfAll[grep("^chr", ndfAll$chr),][NDF < -  ndfAll [grep的（“^ CHR”，$ CHR ndfAll），]]
#[]
## Read in a pair file using the chromosome only NDF[＃在一对染色体只有NDF的文件阅读]
# arrayIntensity &lt;- loadPairFile("Pairs/Array1_532.pair", ndf)[arrayIntensity < -  loadPairFile人（的“Pairs/Array1_532.pair”，NDF）]
#[]

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