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R语言 Repitools包 genomeBlocks()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-26 12:50:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
genomeBlocks(Repitools)
genomeBlocks()所属R语言包:Repitools

                                         Creates bins across a genome.
                                         创建整个基因组的垃圾箱。

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a compact GRanges representation of bins across specified chromosomes of a given genome.
创建一个紧凑GRanges横跨指定一个给定的基因组染色体的垃圾桶表示。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'numeric'
genomeBlocks(genome, chrs = names(genome), width = NULL,
                                   spacing = width)
  ## S4 method for signature 'BSgenome'
genomeBlocks(genome, chrs = seqnames(genome), width = NULL,
                                    spacing = width)



参数----------Arguments----------

参数:genome
Either a BSgenome object, or a named vector of integers (names being choromosome names, integers being the chromosome lengths), to get the chromosome lengths from.
无论是BSgenome对象,或指定一个整数向量(的的名字choromosome名称,染色体长度的整数),染色体的长度。


参数:chrs
A vector containing which chromosomes to create bins across. May either be numeric indicies or chromosome names. Default is all chromosomes given by genome.
一个vector含有染色体创建箱跨越。可以是数字索引或染色体名称。默认是genome给所有染色体。


参数:width
The width in base pairs of each bin.
在每个容器的碱基对的宽度。


参数:spacing
The space between the centres of each adjacent bin. By default, is equal to the spacing parameter, which gives non-overlapping bins. Values larger than spacing will give overlapping bins, and values smaller than  spacing will give gaps between each bin.
每个相邻的bin中心之间的空间。默认情况下,是等于spacing参数,从而使非重叠垃圾箱。值比spacing会给重叠箱,和值小比spacing会给每个bin之间的差距的。


值----------Value----------

Returns a GRanges object, compatible with direct usage in
返回GRanges对象,兼容直接使用在


作者(S)----------Author(s)----------


Aaron Statham



参见----------See Also----------

annotationBlocksCounts
annotationBlocksCounts


举例----------Examples----------


  chr.lengths <- c(800, 200, 200)
  names(chr.lengths) <- c("chr1", "chr2", "chr3")
  genomeBlocks(chr.lengths, width = 200)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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