R语言 Repitools包 cpgDensityPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

cpgDensityPlot(Repitools)
cpgDensityPlot()所属R语言包：Repitools

                                        Plot the distribution of sequencing reads CpG densities.
                                         绘制分布测序读取的CpG密度。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to generate a plot of the distribution of sequencing reads CpG densities.
功能产生测序分布的图读取的CpG密度。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'GRangesList'
cpgDensityPlot(x, cols=rainbow(length(x)), xlim=c(0,20), lty = 1, lwd = 1, main="CpG Density Plot", verbose=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A GRangesList object of reads to plot CpG density of
一个GRangesList对象读取绘制的CpG密度


参数：cols
The line colour for each element of x
每的x元素的线条颜色


参数：xlim
xlim parameter passed to plot.
xlim参数传递plot的。


参数：lty
The line type for each element of x
为每个x元素线类型


参数：lwd
The line width for each element of x
每的x元素的线宽


参数：main
main parameter passed to plot
main参数传递plot的


参数：verbose
Print details of processing.
打印处理的细节。


参数：...
Arguments passed into cpgDensityCalc. seq.len and organism are required.
参数传递到cpgDensityCalc。 seq.len和organism需要。


Details

详情----------Details----------

See cpgDensityCalc for details of options for calculating the CpG density.
看到cpgDensityCalc选项的详细计算密度的CpG。


值----------Value----------

A plot is created. The data processed by cpgDensityCalc is invisibly returned.
创建一个图。 cpgDensityCalc处理的数据无形返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



举例----------Examples----------


if(require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18))
{
  data(samplesList) # Loads 'samples.list.subset'.[负载“samples.list.subset”。]
  cpgDensityPlot(samples.list.subset, seq.len=300, organism=Hsapiens, lwd=4, verbose=TRUE)
}

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注：
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