R语言 Repitools包 cpgBoxplots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cpgBoxplots(Repitools)
cpgBoxplots()所属R语言包：Repitools

                                        Boxplots of intensity, binned by Cpg Density
                                         盒状图的强度，由CPG密度分级

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Either makes a side by side boxplot of two designs, or plots a single boxplot for the difference between the two designs.
要么使一侧并排盒形图的设计，或单盒形图绘制两个设计之间的差异。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'AffymetrixCelSet'
cpgBoxplots(this, samples=c(1,2), subsetChrs="chr[1-5]", gcContent=7:18, calcDiff=FALSE, verbose=FALSE, nBins=40, pdfFile=NULL, ylim=if (calcDiff) c(-5,6) else c(4,15), col=if (calcDiff) "salmon" else c("lightgreen","lightblue"), mfrow=if (!is.null(pdfFile)) c(2,2) else c(1,1))
## S4 method for signature 'matrix'
cpgBoxplots(this, ndfTable = NULL, organism, samples=c(1,2), subsetChrs="chr[1-5]", gcContent=7:18, calcDiff=FALSE, verbose=FALSE, nBins=40, pdfFile=NULL, ylim=if (calcDiff) c(-5,6) else c(4,15), col=if (calcDiff) "salmon" else c("lightgreen","lightblue"), mfrow=if (!is.null(pdfFile)) c(2,2) else c(1,1))



参数----------Arguments----------

参数：this
Either an AffymetrixCelSet or a matrix of intensity data.
要么是AffymetrixCelSet或强度数据矩阵。


参数：ndfTable
In the case of Nimblegen data, a data.frame with at least columns chr and sequence. Must be in the same order of rows as the intensity data.
NimbleGen的数据的情况下，一个data.frame与列至少chr和sequence。必须在强度数据的行的顺序相同。


参数：organism
The BSgenome object of the genome build to use for getting DNA sequence surrounding the probes.
BSgenome对象的基因组，建立使用周围的探针获得的DNA序列。


参数：samples
Which 2 columns from the data matrix to use.
其中2列从数据矩阵使用。


参数：subsetChrs
Which chromosomes to limit the analysis to.
其中染色体限制分析。


参数：gcContent
A range of GC content, which only probes that have GC content in the range are used for the graphing.
一个GC含量的范围，其中有GC含量只有探针范围内的图形。


参数：calcDiff
Boolean. Plot the difference between the two samples ?
布尔值。绘制两个样本之间的差异？


参数：verbose
Boolean. Print processing output.
布尔值。打印处理输出。


参数：nBins
Bins to bin the intensities into.
到垃圾箱bin的强度。


参数：pdfFile
Name of file to output plots to.
文件名称输出到图。


参数：ylim
Y limit of graphs
Ÿ限制图


参数：col
Colour of boxes.
框的颜色。


参数：mfrow
Not specified by the user. Rows and columns to draw the plots in.
未指定用户。提请图英寸的行和列


Details

详情----------Details----------

CpG content of probes is calculated in a 600 base window surrounding the probe, with a linearly decresasing weighting further away from the probe.
探针的CpG含量在600碱基周围的探针的窗口与线性decresasing加权计算，进一步远离探针。


值----------Value----------

Invisibly returns a list of the plots.
无形返回图名单。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson, Dario Strbenac

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