R语言 Repitools包 chromosomeCNplots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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chromosomeCNplots(Repitools)
chromosomeCNplots()所属R语言包：Repitools

                                        Plot copy number by chromosome
                                         染色体拷贝数的图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates plots of position along chromosomes vs. estimated copy number. If GC adjustment was performed, then there are two plots per page; one before adjustment and one after adjustment.
产生沿染色体的位置与估计拷贝数的图。如果GC调整，然后有两个图每页;调整前和调整后之一。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'CopyEstimate'
chromosomeCNplots(copy, y.max = NULL, pch = 19, cex = 0.2,
             pch.col = "black", seg.col = "red", lty = 1, lwd = 2, verbose = TRUE)
  ## S4 method for signature 'AdjustedCopyEstimate'
chromosomeCNplots(copy, y.max = NULL, pch = 19, cex = 0.2,
             pch.col = "black", seg.col = "red", lty = 1, lwd = 2, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：copy
A CopyEstimate or AdjustedCopyEstimate object.
一个CopyEstimate或AdjustedCopyEstimate对象。


参数：y.max
The maximum value of the y-axis of the scatter plots.
的散点图Y轴的最大值。


参数：pch
Style of points in the scatter plots.
在散点图点的风格。


参数：cex
Whether to square root the absolute copy number estimates before running the segmentation.
无论是绝对拷贝数的平方根估计运行前的分割。


参数：pch.col
Colour of points in the scatter plots.
散点图中的点的颜色。


参数：seg.col
Colour of copy number segmentation line.
颜色套数分割线。


参数：lty
Line type of plotted regression line.
线类型的绘制回归线。


参数：lwd
Line width of plotted regression line.
线宽为绘制回归线。


参数：verbose
Whether to print the progess of processing.
无论是打印处理陆侃。


Details

详情----------Details----------

See absoluteCN or relativeCN for how to do the GC adjusted copy number estimates, if this is required. The segmentation line plotted is of the segmentation regions found by circular binary segmentation.
看到absoluteCN或relativeCN怎么办调整GC的拷贝数的估计，如果这是必需的。循环二元分割的分割区的分割线绘制。


值----------Value----------

A number of pages of scatterplots. The output should, therefore, be sent to a PDF device.
的散点图页。因此，输出应该被发送到一个PDF装置。


作者（S）----------Author(s)----------


Dario Strbenac



举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)
    library(BSgenome.Hsapiens36bp.UCSC.hg18mappability)
    load("inputsReads.RData")
    windows <- genomeBlocks(Hsapiens, chrs = paste("chr", c(1:22, 'X', 'Y'), sep = ''),
                            width = 20000)
    counts <- annotationBlocksCounts(inputsReads, anno = windows, seq.len = 300)

    gc.par <- GCAdjustParams(genome = Hsapiens, mappability = Hsapiens36bp,
                             min.mappability = 50, n.bins = 10, min.bin.size = 10,
                             poly.degree = 4, ploidy = c(2, 4))
    abs.cn <- absoluteCN(input.windows = windows, input.counts = counts, gc.params = gc.par)

    pdf("chrProfiles.pdf")
    chromosomeCNplots(abs.cn, y.max = 8)
    dev.off()
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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