R语言 Repitools包 BAM2GenomicRanges()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

BAM2GenomicRanges(Repitools)
BAM2GenomicRanges()所属R语言包：Repitools

                                        Read in a (list of) BAM file(s) into a GRanges(List) object.
                                         阅读（名单）BAM文件（S）到农庄（名单）对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A wrapper script for coverting the contents of BAM files for use with GenomicRanges classes.
的BAM文件的内容张健GenomicRanges类使用一个包装脚本。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'character'
BAM2GRanges(path, what = c("rname", "strand", "pos", "qwidth"),
      flag = scanBamFlag(isUnmappedQuery = FALSE, isDuplicate = FALSE),
      verbose = TRUE)
  ## S4 method for signature 'character'
BAM2GRangesList(paths, what = c("rname", "strand", "pos", "qwidth"),
      flag = scanBamFlag(isUnmappedQuery = FALSE, isDuplicate = FALSE),
      verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：path
A character vector of length 1. The path of the BAM file.
一个长度为1的特征向量。的BAM文件的路径。


参数：paths
A character vector of possibly any length. The paths of the BAM files.
一个可能是任何长度的字符向量。 BAM的文件的路径。


参数：what
What attributes of a read to retain. See scanBam and the value section.
什么属性的只读保留。看到scanBam和value部分。


参数：flag
What kinds of reads to retain.  See ScanBamParam and the flag argument.
什么样的内容保留。看到ScanBamParam和flag论点。


参数：verbose
Whether to print the progess of processing.
无论是打印处理陆侃。


值----------Value----------

For the single pathname method; a GRanges object. For the multiple pathnames method; a GRangesList object.
为单一路径的方法;农庄对象。对于多路径方法; GRangesList对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Dario Strbenac



举例----------Examples----------


  tiny.BAM <- system.file("extdata", "ex1.bam", package = "Rsamtools")
  if(length(tiny.BAM) > 0)
    print(BAM2GRanges(tiny.BAM))

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。