annotationLookup(Repitools)
annotationLookup()所属R语言包：Repitools
Forms a mapping between probes on a tiling array and windows surrounding the
窗体上的瓦片阵列和窗户周围的探针之间的映射
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Starting from genome locations for probes and a locations for a set of genes, this procedure forms a list structure that contains the indices to map from one to the other.
从探针和1位置为一组基因的基因组位置开始，这个过程形成一个列表结构，其中包含从一个映射到其他的指数。
用法----------Usage----------
<p>The data.frame,data.frame method: <br>
<code>annotationLookup(x, anno, ...)</code> <br>
The data.frame,GRanges method: <br>
<code>annotationLookup(x, anno, up, down, ...)</code>
</p>
参数----------Arguments----------
Details
详情----------Details----------
This function is a wrapper for the generic function annotationBlocksLookup which can handle annotations of varying sizes. annotationLookup is appropriate where you wish to map probes that are within a fixed distance of points of annotation e.g gene transcription start sites. Even if strand information is given for probes, it is ignored.
这个函数是一个包装的通用功能annotationBlocksLookup它可以处理不同大小的注释。 annotationLookup是适当的地方，你想映射的注解如基因转录起始位点的固定点的距离内的探针。即使链信息为探针，它将被忽略。
If x has no index column, then the probes are given indices from 1 to the number of probes, in the order that they appear in the data.frame or GRanges object.
如果x有没有索引列，然后探针指数从1到探针的数量，使他们出现在data.frame或GRanges对象。
It is an error for the gene annotation to have unstranded features.
这是一个错误有unstranded功能基因注释。
值----------Value----------
A list with elements
与元素列表
indexes a list for each gene in y, giving a vector
索引列表每个y的基因，给人一种向量
offsets a list for each gebe in y, giving a vector (corresponding to indexes) of offsets relative to the
偏移为每个ygebe列表，给予相对的偏移向量（对应indexes）
作者（S）----------Author(s)----------
Aaron Statham, Mark Robinson
参见----------See Also----------
annotationBlocksLookup, makeWindowLookupTable
annotationBlocksLookup，makeWindowLookupTable
举例----------Examples----------
# create example set of probes and gene start sites[创建例如一套探针和基因起始位点]
probes <- data.frame(position=seq(1000, 3000, by = 200), chr = "chrX", strand = '-')
genes <- data.frame(chr = "chrX", start=c(2100, 1000), end = c(3000, 2200),
strand=c("+","-"))
rownames(genes) <- paste("gene", 1:2, sep = '')
# Call annotationLookup() and look at output[致电annotationLookup（），并期待在输出]
annotationLookup(probes, genes, 500, 500)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 12:47:04
