R语言 RefPlus包 rmaplus()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rmaplus(RefPlus)
rmaplus()所属R语言包：RefPlus

                                        Derive RMA+ intensities
                                         仲RMA+强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate the RMA+ intensities using pre-stored reference quantiles and probe effects. The reference quantiles and the probe effects are the estimated  parameter values from RMAing a set of microarrays (e.g. a reference set).  
计算的RMA +强度，使用预存参考位数的和探测效果。参考位数和探针的影响，估计，从RMAing的芯片集（例如参考集）参数值。


用法----------Usage----------


rmaplus(Future, rmapara, r.q, p.e, bg = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：Future
An affybatch object of the microarrays to be  pre-processed using the RMA+ methods.
一个affybatch对象使用RMA +方法可以预先处理的芯片。


参数：rmapara
Output of rma.para function that the contain reference  quantiles and the reference probe effects.
输出rma.para功能，包含参考位数和参考探针的作用。


参数：r.q
The pre-stored vector of the quantiles that the  probe intensity data of a microarray should be normalized to.
前一个芯片的探针强度数据应归位数存储向量。


参数：p.e
A pre-stored list of probe effects. It is a probe.coefs object of  PLMset class in affyPLM package.
预存的探测效果。它是一个在affyPLM包PLMset类probe.coefs的对象。


参数：bg
A logical flag. If True(by default), background correct  Train using default bg.correct.rma.  
一个逻辑标志。如果True（默认），背景纠正Train使用默认的bg.correct.rma。


值----------Value----------

The RMA+ intensities of Future.
FutureRMA的强度。


作者（S）----------Author(s)----------


Kai-Ming Chang(kaiming@gmail.com)



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

PLMset-class,rma.para,
PLMset-class，rma.para


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  ## Use Dilution in affydata package[＃使用稀释affydata包]
  data(Dilution)

  ##Calculate RMA intensities using the rma function.[＃计算使用RMA函数的RMA强度。]
  Ex0<-exprs(rma(Dilution))

  ## Background correct, estimate the probe effects, and calculate the [＃背景纠正，估计探测效果，并计算]
  ## RMA intensities using rma.para function.[＃RMA强度使用rma.para功能的。]
  Para<-rma.para(Dilution,bg=TRUE,exp=TRUE)
  Ex1<-Para[[3]]

  ## Calculate the RMA+ intensity using rmaplus function. [＃计算的RMA +强度使用rmaplus功能的。]
  Ex2<-rmaplus(Dilution, rmapara=Para, bg = TRUE)
}

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