R语言 RefPlus包 RefPlus-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RefPlus-package(RefPlus)
RefPlus-package()所属R语言包：RefPlus

                                         RMA based on reference microarrays: RMA+ and RMA++ methods
                                         RMA的基础上参考芯片：RMA+RMA+方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

RMA+ is an extenstion of the RMA algorithm that calculates the probeset  intensities of a microarray using a pre-stored RMA model fitted on previously  obtained microarrays, e.g. reference microarrays. RMA++ is a further extension  based on the RMA+ method. This package depends on the affyPLM package.
RMA+是后加的RMA算法计算芯片probeset强度使用对先前获得的芯片安装一个预先储存的RMA模式，如参考芯片。RMA+ +是基于RMA +方法的进一步扩展。这个软件包依赖上affyPLM包。


Details

详情----------Details----------

Use rma.para to obtain the reference quantiles and the probe effects from a reference set, then use rmaplus to calculate the RMA+ intensities based  on the fitted reference quantiles and probe effects.
使用rma.para获得参考集参考位数和探测效果，然后使用rmaplus计算的RMA +强度的基于拟合参考位数的和探测效果的。


作者（S）----------Author(s)----------



By Kai-Ming Chang(kaiming@gmail.com)




参考文献----------References----------

Extensions to the RMA Algorithm. Available with the RefPlus package.Avaliable with the package.
RMA Algorithm. Bioinformatics 23, 2493-2494.

举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  ## Use Dilution in affydata package[＃使用稀释affydata包]
  data(Dilution)

  ##Calculate RMA intensities using the rma function.[＃计算使用RMA函数的RMA强度。]
  Ex0<-exprs(rma(Dilution))

  ## Background correct, estimate the probe effects, and calculate the [＃背景纠正，估计探测效果，并计算]
  ## RMA intensities using rma.para function.[＃RMA强度使用rma.para功能的。]
  Para<-rma.para(Dilution, bg=TRUE,exp=TRUE)
  Ex1<-Para[[3]]

  ## Calculate the RMA+ intensity using rmaplus function. [＃计算的RMA +强度使用rmaplus功能的。]
  Ex2<-rmaplus(Dilution, rmapara=Para, bg = TRUE)
}

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