R语言 REDseq包 summarizeByRE()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summarizeByRE(REDseq)
summarizeByRE()所属R语言包：REDseq

                                         Output count/weight summary by restriction enzyme cut site ID (REid)
                                         输出数量/重量总结限制性内切酶切割站点ID（里德）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Output count/weight summary by REid with each row representing each REid
输出数量/重量每行代表每个里德里德与摘要


用法----------Usage----------


summarizeByRE(assignedSeqs, by=c("Weight", "REid"),sampleName="",round=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：assignedSeqs
output from assignSeq2REsite  
从assignSeq2REsite输出


参数：by
Weight if sum up the weight for each REid, REid if sum the occurrence of each REid.  
如果总结的重量为每里德，里德如果重量总和每个里德的发生。


参数：sampleName
The name of the sample used as the count column name.  
数列名作为样本的名称。


参数：round
TRUE: the sum of the weight is rounded up if the fraction part is greater than 0.5. FALSE: as it is.  
TRUE：如果小数部分大于0.5，四舍五入重量的总和。 FALSE：因为它是。


值----------Value----------

a matrix with REid as the first column and total count/weight as the second column, that can be used for the downstream analysis with DEseq or edgeR.
里德作为矩阵第一列和第二列，可为下游分析与DEseq或磨边总数/重量。


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




参见----------See Also----------

summarizeBySeq, assignSeq2REsite
summarizeBySeq，assignSeq2REsite


举例----------Examples----------


        data(example.assignedREDseq)
        summarizeByRE(example.assignedREDseq,by="REid",sampleName="example")
        summarizeByRE(example.assignedREDseq,by="Weight",sampleName="example")

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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