plotCutDistribution(REDseq)
plotCutDistribution()所属R语言包：REDseq
plot cut frequencies of RE sites along a given chromosome
图削减沿某一染色体重网站的频率
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
plot cut frequencies of RE sites along a chromosome, which gives a bird-eye view of genome-wide frequent-cut regions and RE inaccessible regions.
图削减沿着一条染色体，其中给出了全基因组的频繁切区域的鸟瞰视图稀土网站的频率和重新人迹罕至的区域。
用法----------Usage----------
plotCutDistribution(assignedSeqs,REmap, chr="chr1",xlim,
title="RE cut frequency distribution",
xlab="Chromosome Location (bp)",ylab="Frequency",
round=TRUE, n.sequence)
参数----------Arguments----------
参数：assignedSeqs
result returned from assignSeq2REsite
返回结果从assignSeq2REsite
参数：REmap
REmap used in assignSeq2REsite and generated from buildREmap
重映射用于在assignSeq2REsite，和从buildREmap产生
参数：chr
chromosome to be plotted
染色体要绘制
参数：xlim
range of x to be plotted
要绘制x的范围
参数：title
an overall title for the plot
图的总冠军
参数：xlab
a title for the x axis
X轴的标题
参数：ylab
a title for the y axis
为Y轴的标题
参数：round
TRUE: the sum of the weight is rounded up if the fraction part is greater than 0.5. FALSE: as it is.
TRUE：如果小数部分大于0.5，四舍五入重量的总和。 FALSE：因为它是。
参数：n.sequence
total uniquely mapped sequences in the dataset for estimating the expected count for each RE site. If omitted, the expected count for each RE site will be set as 1 as default.
总额在DataSet中唯一映射估算预计为每个RE站点数的序列。如果省略，预计数量为每个RE网站将被设置为默认的1。
作者（S）----------Author(s)----------
Lihua Julie Zhu
参见----------See Also----------
assignSeq2REsite, distanceHistSeq2RE
assignSeq2REsite，distanceHistSeq2RE
举例----------Examples----------
data(example.assignedREDseq)
data(example.map)
plotCutDistribution(example.assignedREDseq,example.map,
chr="2", xlim =c(3012000, 3020000))
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发表于 2012-2-26 12:45:01
