R语言 REDseq包 binom.test.REDseq()函数中文帮助文档(中英文对照)

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binom.test.REDseq(REDseq)
binom.test.REDseq()所属R语言包：REDseq

                                         Binomial test for REDseq dataset
                                         二项式测试REDseq集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For any early stage experiment with one experimental condition and one biological replicate, binom.test.REDseq computes p-value for each RE site in the genome.
对于任何一个实验条件下的早期阶段的实验和生物复制，binom.test.REDseq计算p值中的每个基因组的重新站点。


用法----------Usage----------


binom.test.REDseq(REsummary, col.count = 2, multiAdj = TRUE,
multiAdjMethod = "BH", prior.p = 0.000001)



参数----------Arguments----------

参数：REsummary
A matrix  returned from summarizeByRE with a RE id column, a count/weight column. See examples  
矩阵从summarizeByRE返回一个RE id列，列数/重量。看到的例子


参数：col.count
The column where the total count/weight is  
列总数/重量


参数：multiAdj
Whether apply multiple hypothesis testing adjustment, TURE or FALSE  
是否适用于多种假设检验的调整，TURE或FALSE


参数：multiAdjMethod
Multiple testing procedures, for details, see mt.rawp2adjp in multtest package  
多个测试程序，有关详细信息，请参阅multtest包mt.rawp2adjp


参数：prior.p
It is the probability of assigning a mapped sequence tag to a given RE site. Assuming each RE site gets cut equally, then the prior.p = 1/number of total RE sites in the genome.  
这是分配给定RE站点映射序列标签的概率。假设每个RE站点同样被切断，然后占整体转口的网站，在基因组中的prior.p = 1/number。


值----------Value----------


参数：p.value
p-value of the test
p值的测试


参数：*.count
weight/count from the input REsummary
重量/计数输入REsummary


参数：REid
the id of the restriction enzyme from the input REsummary  
限制性内切酶从输入REsummary的id


参数：cut.frequency
cut frequency
截止频率


参数：*.adjusted.p.value
applicable if multiAdj=TRUE, adjusted p.value using * method specified in multiAdjMethod
适用如果使用multiAdj = TRUE，调整p.value *在multiAdjMethod指定的方法，


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




参见----------See Also----------

compareREDseq
compareREDseq


举例----------Examples----------


        REsummary = cbind(c("RE1", "RE2", "RE3"), c(10,1,100))
        colnames(REsummary) = c("REid", "control")
        binom.test.REDseq(REsummary)

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