R语言 RedeR包 RedeR.data()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RedeR.data(RedeR)
RedeR.data()所属R语言包：RedeR

                                        Pre-processed dataset for RedeR case study.
                                         瑞德预先处理的数据集为例。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Preprocessed data from a time-course gene expression and ChIP-on-chip analysis of estrogen receptor (ER) binding sites in MCF7 breast cancer cell line (Carroll et al, 2006).
预处理后的数据从一个时间过程中基因表达和芯片片上分析雌激素受体（ER）的结合位点在MCF7乳腺癌单元株（卡罗尔等人，2006年）。


用法----------Usage----------


data(Carroll2006)



格式----------Format----------

Carroll2006 List containing 'exp', 'tgs', 'ids', and 'bdsites' R objects.
Carroll2006列表，其中包含“EXP”，“TGS，IDS，bdsites的R对象。


Details

详情----------Details----------

The gene expression dataset consists of 12 time-course Affymetrix U133Plus2.0 microarrays: 3 replicates at 0h, 3 replicates at 3h, 3 replicates at 6h and 3 replicates at 12h. The original dataset is available at GEO database (GSE11324). The gene ER binding site dataset consists of a Bed file of ER ChIP-on-chip experiment. The original dataset is available at http://research.dfci.harvard.edu/brownlab/datasets/index.php (ER sites from the Bed file '1E-5.bed').
12时间当然Affymetrix公司U133Plus2.0的微阵列基因表达数据集包括：3在0H复制，在3h重复，重复3次在6h和12h时3重复。原始数据集在GEO数据库（GSE11324）。基因的雌激素受体结合位点的数据集，包括一床的ER芯片片上实验文件。原始数据集是在http://research.dfci.harvard.edu/brownlab/datasets/index.php（从床上文件ER网站“1电子5.bed”的）。




Carroll2006$exp data.frame with log2 gene expression dataset.
carroll2006美元log2基因表达数据集的进出口数据框。




Carroll2006$tgs data.frame with microarray details (e.g. targets for limma analysis).
carroll2006美元TGS数据框芯片的细节如（为limma分析目标）。




Carroll2006$ids data.frame with gene ids used in RedeR case study.
carroll2006美元瑞德案例研究中使用的基因IDS IDS数据框。




Carroll2006$bdsites data.frame with ER binding sites mapped to genome build GRCh37.
与雌激素受体结合位点映射到基因组构建GRCh37 carroll2006美元bdsites数据框。




hs.inter Human interactome extracted from the Human Protein Reference Database (HPRD) in April 2011 <igraph object> ('name' attribute is mapped to ENTREZ ID).
hs.inter人类相互作用组中提取人类蛋白参考数据库（HPRD）的2011年4月<igraph的对象（“name”属性映射到Entrez的编号）。




ER.limma data-frame containing pre-processed results from limma analysis and ER binding sites mapped to differentially expressed (DE) genes. Content: annotation (ENTREZ and Symbol), time-course fold change (logFC.t3, logFC.t6, logFC.t12), p values (p.value.t3, p.value.t6, p.value.t12), DE genes (degenes.t3, degenes.t6, degenes.t12) and distance of the closest ER bd site to the TSS &ndash; in kb (ERbdist).
ER.limma数据框包含limma分析和映射（DE）的差异表达的基因的雌激素受体结合位点的预加工的结果。内容：注解（Entrez的符号），当然时间倍数变化（logFC.t3，logFC.t6，logFC.t12），p值（p.value.t3，p.value.t6，p.value.t12），德基因（degenes.t3，degenes.t6，degenes.t12），和距离最近的急诊室BD TSS的网站 -  KB（ERbdist）。




ER.deg$dat Summary from ER.limma data object with extracted data for differentially expressed genes only.  
ER.deg ER.limma数据对象只为差异表达的基因中提取的数据$ DAT摘要。




ER.deg$exp Data matrix with log2 gene expression values of DE genes.
ER.deg德基因的的log2基因的表达值$ EXP数据矩阵。




ER.deg$ceg Co-expression gene network of early ER-responsive genes computed by the function cea cea.
ER.deg美元CEG ER响应早期的基因功能CEA计算cea共表达的基因网络。


参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


    data(Carroll2006)
    data(hs.inter)
    data(ER.limma)
    data(ER.deg)

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