att(RedeR)
att()所属R语言包：RedeR
Map and set edge and vertex attributes to RedeR application.
图和一套边缘和顶点属性瑞德应用。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions map data frames containing edge/vertex attributes to an igraph object and set attributes to RedeR.
这些功能映射边/顶点属性包含一个IGRAPH对象和集合瑞德属性的数据框。
用法----------Usage----------
att.setv(g, from, to='nodeColor', pal=1, cols=NULL, na.col=grey(0.7), xlim=c(20,100,1), shapes=NULL, breaks=NULL, categvec=NULL, nquant=NULL, isrev=FALSE, getleg=TRUE, roundleg=2)
att.sete(g, from, to='edgeColor', pal=1, cols=NULL, na.col=grey(0.7), xlim=c(20,100,1), shapes=NULL, breaks=NULL, categvec=NULL, nquant=NULL, isrev=FALSE, getleg=TRUE, roundleg=2)
att.mapv(g, dat, refcol=1)
att.mape(g, dat, refcol=c(1,2))
参数----------Arguments----------
参数：g
An igraph object.
一个IGRAPH对象。
参数：from
An attribute name available in 'g' <string>.
G<string>的属性名。
参数：to
A valid RedeR attribute name (see addGraph or type 'att.setv()' or 'att.sete()').
一个有效的瑞德属性的名称（见，addGraph或类型att.setv（）或att.sete（））。
参数：breaks
A numeric vector of two or more breakpoints to be applied to the attribute values.
数字向量的两个或两个以上的断点被应用到的属性值。
参数：pal
Default color palette. Options: 1 or 2.
默认调色板。选项：1或2。
参数：xlim
A numeric vector with three boundaries: c(<lower boundary>, <upper boundary>, <NA>). It corresponds to boundary values to be apply to numeric attributes (e.g. nodeSize). Default: c(20,100,1).
一个有三个边界的数值向量：C（<lower boundary>，<upper boundary>，<NA>）。它所对应的边界值是适用于数字属性（如nodeSize）。默认是：C（20,100,1）。
参数：cols
Vector of colors (either hexadecimals or valid R color names).
颜色矢量（或者十六进制或有效的ŕ的颜色名称）。
参数：na.col
A color representing eventual NAs. Default: grey(0.7)
颜色代表最终定居。默认：灰色（0.7）
参数：shapes
A string vector with valid RedeR shapes (see addGraph or type 'att.setv()' or 'att.sete()').
一个有效的的瑞德形状（见，addGraph或类型att.setv（）或att.sete（））的字符串矢量。
参数：categvec
Optional: levels to encode attributes as a factor <vector>.
可选：各级作为因素<vector>编码的属性。
参数：nquant
Optional: number of breakpoints to split attribute values by quantiles <integer>.
可选：断点号码位数<整数>分裂属性值。
参数：isrev
Optional: reversed version of attribute values <logical>.
可选：属性值<logical>的反转版本。
参数：getleg
Optional: return legend values <logical>.
可选：返回传奇的值<logical>。
参数：dat
A data frame with the attributes to be mapped to 'g'.
一个被映射到G的属性数据框。
参数：refcol
The reference columns in the 'data' object with either node ids (one column <integer>) or edge ids (two columns <vector of two integers>).
在“数据”与任一节点IDS（一列<整数>）或边缘IDS（两列的2 integers> <vector）的对象的引用列。
参数：roundleg
Integer indicating the number of decimal places (round) in the legend of numerical attributes </table>
整数，指示小数点后（轮），在数值属性的传说</ TABLE>数
值----------Value----------
Map/set RedeR attributes to igraph objects.
图/套瑞德IGRAPH对象的属性。
作者（S）----------Author(s)----------
Mauro Castro
参见----------See Also----------
addGraph
addGraph
举例----------Examples----------
data(ER.deg)
sg <- ER.deg$ceg # an igraph object[IGRAPH对象]
dt <- ER.deg$dat # a data frame object[一个数据框对象]
# maps the data frame to the igraph object[映射数据框的IGRAPH对象的]
sg <- att.mapv(g=sg, dat=dt, refcol=1)
# Sets graph attributes to RedeR![设置图表属性瑞德！]
# sets gene symbol do nodeAlias attribute[基因符号设置做nodeAlias属性的]
sg <- att.setv(sg, from="Symbol", to="nodeAlias")
# sets numerical value to nodeColor attribute[设置数值nodeColor属性]
sg <- att.setv(sg, from="logFC.t3...t0", to="nodeColor", breaks=seq(-1,1,0.2), pal=2)
# sets numerical value to nodeSize attribute[设置数值nodeSize属性]
sg <- att.setv(sg, from="ERbdist", to="nodeSize", nquant=10, isrev=TRUE, xlim=c(5,40,1))
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发表于 2012-2-26 12:33:00
