R语言 RedeR包 addGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

addGraph(RedeR)
addGraph()所属R语言包：RedeR

                                        Add graphs to RedeR application.
                                         瑞德应用程序添加图形。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Method to wrap R graphs into RedeR objects and send it to RedeR app.
包装到瑞德对象ŕ图发送到瑞德应用的方法。


用法----------Usage----------


addGraph(obj, g, ...)



参数----------Arguments----------

参数：obj
Object of RedPort Class.  
对象的RedPort类。


参数：g
An igraph object.   
一个IGRAPH对象。


参数：...
Additional arguments passed to RedeR application.      
额外的参数传递给瑞德应用。


Details

详情----------Details----------

Additional arguments:
额外的参数：




layout Vertex coordinates (graph layout). Accepts matrix with 2 cols (i.e. x and y coords) <matrix>.
布局的顶点坐标（图布局）。接受2 COLS（即X和Y坐标）<matrix>矩阵。




gscale Expansion factor of the graph area related to the app panel area (default = 75) <numeric>.
相关的应用程序面板面积的图形区域gscale膨胀系数（默认值= 75）<numeric>。




zoom  Sets the zoom scale for the app panel (range: 0.0 to 100.0; default = 100.0) <numerics>.
变焦设置为应用程序面板缩放比例（范围：0.0至100.0;默认值= 100.0）<numerics>。




gcoord Sets the graph x,y center. Coords between 0 and 100 are set to the visible area of the app panel (default = c(50,50)) <numeric vector>.
gcoord设置图形中的X，Y中心。 0和100之间的坐标设置的应用程序面板（默认值= C（50,50））<numeric vector>可见区域。




isNest Logical value, whether to nest all nodes into a new container (default = FALSE). See additional args in nestNodes
isNest逻辑值，是否所有巢到一个新的容器（默认为FALSE）的节点。看到额外的参数nestNodes




isAnchor If isNest=TRUE, this logical value sets whether to anchor the container in dynamic layouts.
isAnchor如果isNest = TRUE时，这个逻辑值设置是否停泊在动态布局的容器。




isAssign If isNest=TRUE, this logical value sets whether to assign the container name to the nested nodes.
如果isAssign isNest = TRUE，这个逻辑值设置容器的名称是否分配到嵌套节点。




loadEdges Logical value, whether to send edges to RedeR app (default = TRUE).
loadEdges逻辑值，瑞德应用程序（默认值= TRUE），是否要发送的边缘。




theme Some pre-defined nest attributes. Options: 'tm0','tm1','tm2','tm3','tm4','tm5','tm6' <string>. Alternatively, it can be a list with customized attributes.
一些预定义的主题巢属性。选项：：TM0，TM1，TM2，“TM3，”TM4，“TM5，TM6”<string>的，。另外，它可以是一个定制的属性列表。


值----------Value----------

Submits R graphs to RedeR app.
提出&#341;图表到瑞德程序。


由IGRAPH对象通过属性----------Attributes passed by the igraph object----------




bgColor  Sets the background color of the app panel <hexadecimal>.
BGCOLOR设置的应用面板<hexadecimal>的背景颜色。




zoom  Sets the zoom scale for the app panel (range: 0.0 to 100.0) <numerics>.
变焦缩放比例设置为应用程序面板（范围：0.0~100.0）<numerics>。




gscale  Expansion factor of the graph area in the app panel <numerics> (PS. alternative entry to the 'gscale' argument above).
gscale在App的面板<numerics>（PS.替代进入到“gscale”上述论点）的图形面积的膨胀系数。




coordX  Sets the graph x center; x between 0 and 100 sets to visible area <numeric> (PS. alternative entry to the 'gcoord' argument above).
coordX设置图x中心，X介于0和100套，可见的面积<numeric>（PS.替代进入的“gcoord上述论点）。




coordY  Sets the graph y center; y between 0 and 100 sets to visible area <numeric> (PS. alternative entry to the 'gcoord' argument above).
coordY设置图&#376;中心的，Y介于0和100套，可见的面积<numeric>（PS.替代进入上述“gcoord”参数）。




loadEdges  Logical value, whether to send edges to RedeR app (PS. alternative entry to the 'loadEdges' argument above).  
loadEdges逻辑值，是否发送边缘瑞德应用程序（PS.替代进入“loadEdges参数以上）。




isNest  Logical value, whether to nest all nodes into a new container (PS. alternative entry to the 'nest' argument above).
isNest逻辑值，是否所有巢到一个新的容器（PS.替代项以上的鸟巢的说法）的节点。




isAnchor If isNest=TRUE, this logical value sets whether to anchor the container in dynamic layouts.
isAnchor如果isNest = TRUE时，这个逻辑值设置是否停泊在动态布局的容器。




isAssign If isNest=TRUE, this logical value sets whether to assign the container name to the nested nodes.
如果isAssign isNest = TRUE，这个逻辑值设置容器的名称是否分配到嵌套节点。




nestColor  If isNest=TRUE, this attribute sets the 'color' of the new container <hexadecimal>.
nestColor如果isNest = TRUE时，此属性设置的“颜色”的新容器<hexadecimal>。




nestAlias  If isNest=TRUE, this attribute sets the label of the new container <string>.  
nestAlias如果isNest = TRUE时，此属性设置新货柜<string>的标签。




nestFontSize  If isNest=TRUE, this attribute sets the size of the container label <numerics>.
nestFontSize如果isNest = TRUE时，此属性设置容器标签<numerics>的大小。




nestFontColor  If isNest=TRUE, this attribute sets the 'color' of the container label <hexadecimal>.
nestFontColor如果isNest = TRUE时，此属性设置容器的标签<hexadecimal>的“颜色”。




nestFontX  If isNest=TRUE, this attribute sets the x position of the label related to the container <numerics>.
如果isNest nestFontX = TRUE时，此属性设置x位置的有关容器<numerics>的标签。




nestFontY  If isNest=TRUE, this attribute sets the y position of the label related to the container <numerics>.
如果isNest nestFontY = TRUE时，此属性设置的有关容器<numerics>的标签的y位置。




nestShape  If isNest=TRUE, this attribute sets the shape of the container, options: <'ELLIPSE'> and <'ROUNDED_RECTANGLE'>.
nestShape如果isNest = TRUE时，此属性设置容器的形状，选择：<椭圆>和<ROUNDED_RECTANGLE“>。




nestSize  If isNest=TRUE, this attribute sets the size of the container <numerics>.
nestSize如果isNest = TRUE，则该属性设置容器<numerics>的大小。




nestLineWidth  If isNest=TRUE, this attribute sets the line width of the container, options: >= 0 <numerics>.
nestLineWidth如果isNest = TRUE时，此属性设置容器的线宽，选择：> = 0 <numerics>。




nestLineColor  If isNest=TRUE, this attribute sets the line color of the container <hexadecimal>.
如果isNest nestLineColor = TRUE时，此属性设置的的容器<hexadecimal>的线的颜色。




nestImage If isNest=TRUE, sets the status of the container on the screen: <'plain'>, <'transparent'>, or <'hide'>.
nestImage如果isNest = TRUE时，在屏幕上设置容器的状态：<纯>，<透明>或<隐藏>。




nestLineType  If isNest=TRUE, this attribute sets the line type of the container: <'SOLID'>, <'DOTTED'>, <'DOTTED_SHORT'>, <'LONG_DASH'>
nestLineType如果isNest = TRUE时，此属性设置容器的线路类型：<固体>，<虚线>，<DOTTED_SHORT“>，<LONG_DASH>




name  Node attribute 'name' <string>
名称节点属性的名称<string>的




nodeAlias  Node attribute 'alias' <string>
nodeAlias节点属性的别名“<string>的




nodeBend  Node attribute 'bend', options: 0-100% <numeric>
nodeBend节点的属性“弯曲”，选项：0-100％<numeric>




coordX  Node attribute 'x coord' <numeric>
coordX节点属性“X坐标”<numeric>




coordY  Node attribute 'y coord' <numeric>
coordY节点属性的y坐标<numeric>，




nodeSize  Node attribute 'size', options: > 0 <numeric>
nodeSize节点的属性“大小”，选择：> 0 <numeric>




nodeShape  Node attribute 'shape', options: 'ELLIPSE', 'RECTANGLE', 'ROUNDED_RECTANGLE', 'TRIANGLE', 'DIAMOND' <string>
nodeShape节点属性“形状”，选择：“椭圆”，“矩形”，“ROUNDED_RECTANGLE，三角，钻石<string>的




nodeColor  Node attribute 'color', e.g. "#ff0000" for red <hexadecimal>
节点属性nodeColor“颜色”，例如： “＃FF0000”红色<hexadecimal>




nodeWeight  Node attribute 'weight', options: <numeric>
nodeWeight节点属性的“重量”，选择：<numeric>




nodeLineWidth  Node attribute 'line width', options: >= 0 <numeric>
nodeLineWidth节点属性“线宽”，选择：> = 0 <numeric>




nodeLineColor  Node attribute 'line color', e.g. "#ff0000" for red <hexadecimal>
nodeLineColor节点属性的“线条颜色”，例如“＃FF0000”红色<hexadecimal>




nodeFontSize  Node attribute 'font size', options: >= 0 <integer>
nodeFontSize节点的属性，“字体大小”，选择：> = 0 <整数>




nodeFontColor  Node attribute 'font color', e.g. "#ff0000" for red <hexadecimal>
nodeFontColor节点的属性，“字体颜色”，例如： “＃FF0000”红色<hexadecimal>




arrowDirection  Edge attribute 'arrow direction', Options: 0 (A-B), 1 (A->B), 2 (A<-B) or 3 (A<->B) <integer>
arrowDirection边缘属性“箭头方向”，选项：0（AB），1（A-> B），2（< -  B）或3（< - >）<整数>




edgeWeight  Edge attribute 'weight', options: >= 0 <numeric>
edgeWeight边缘属性“重量”，选择：> = 0 <numeric>




edgeWidth  Edge attribute 'width', options: <numeric>
edgeWidth边缘属性宽，选择：<numeric>




edgeColor  Edge attribute 'color', e.g. "#ff0000" for red <hexadecimal>
edgeColor边缘属性“颜色”，例如“＃FF0000”红色<hexadecimal>




edgeType  Edge attribute 'color', options: 'SOLID, 'DOTTED, 'DOTTED_SHORT', 'LONG_DASH'
颜色edgeType边缘属性“，选择：”固体，“点”，DOTTED_SHORT，LONG_DASH“


注意----------Note----------

In 'igraph' package, vertex and edge attributes can be assigned as arbitrary R objects. In order  to pass these extensible features to RedeR the attributes must be provided in a valid syntax (see above).  Only UNIQUE edges are accepted. If present, mutual/multiple edges will be collapsed to unique edges.  In this cases, source-target information is transferred to 'arrowDirection' attribute; other attributes will be related to the first edge from the edge list.
在“IGRAPH包，顶点和边的属性可以指定为任意R对象。为了通过这些扩展功能瑞德的属性，必须提供一个有效的语法（见上文）。唯一的边缘被接受。如果存在，相互/多个边缘将倒塌独特的边缘。在这种情况下，源目标信息被转移到“arrowDirection属性;其他属性将涉及到的第一条边的边列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Mauro Castro



参见----------See Also----------

getGraph addSubgraph addSubgraph.list setArrowDirection setEdgeWeight setEdgeWidth setEdgeColor setEdgeType setNodeBend setNodeAliases setNodeFontXY setNodeSize setNodeShape setNodeColor setNodeWeight setNodeLineWidth setNodeLineColor setNodeFontSize setNodeFontColor RedPort
getGraphaddSubgraphaddSubgraph.listsetArrowDirectionsetEdgeWeightsetEdgeWidthsetEdgeColorsetEdgeTypesetNodeBendsetNodeAliases setNodeFontXYsetNodeSizesetNodeShapesetNodeColorsetNodeWeightsetNodeLineWidthsetNodeLineColorsetNodeFontSizesetNodeFontColorRedPort


举例----------Examples----------



rdp <- RedPort('MyPort')

## Not run: [＃无法运行：]

calld(rdp)

###[＃]

g1 <- graph.empty(n=10, directed=FALSE)
addGraph( rdp, g1, layout.random(g1) )

###[＃]

g2 <- graph.lattice(c(5,5,5))
addGraph( rdp, g2, layout.kamada.kawai(g2) )

###...to check loading speed of an interactome![＃...检查装载的相互作用组的速度！]

data(hs.inter)
system.time( addGraph(rdp, hs.inter, layout=NULL) )


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。