R语言 RCytoscape包 addGraphToGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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addGraphToGraph(RCytoscape)
addGraphToGraph()所属R语言包：RCytoscape

                                        addGraphToGraph
                                         addGraphToGraph

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a CytoscapeWindow containing a graph, this method adds new nodes, edges, and their attributes.  Thus, it is the way to extend a graph – to merge a new graph with an existing one.  A typical use would be to add a second KEGG pathway to a CytoscapeWindow upon discovering that two KEGG pathways overlap, sharing some enzymes and some reactions.  No existing attributes are written over.
给予CytoscapeWindow包含图形，这种方法增加了新的节点，边和它们的属性。因此，它是图形的方式来扩大 - 合并与现有的一个新的图形。一个典型的使用将是第二KEGG通路1 CytoscapeWindow添加后，发现两个KEGG通路重叠，共享一些酶和一些反应。任何现有的属性都写了。


用法----------Usage----------


addGraphToGraph(obj, other.graph)



参数----------Arguments----------

参数：obj
a CytoscapeWindowClass object.  
CytoscapeWindowClass对象。


参数：other.graph
a graph object.  
graph对象。


值----------Value----------

None.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------


Paul Shannon



举例----------Examples----------


  window.name <- 'demo addGraphToGraph'
  cw3 <- new.CytoscapeWindow (window.name, graph=makeSimpleGraph ())
  displayGraph (cw3)
  redraw (cw3)
  layout (cw3)

    # create a new graph, which adds two nodes, and edges between them[创建一个新的图形，这增加了两个节点，它们之间的边缘]
    # and an existing node, A[和现有的节点，]

  g2 <- new("graphNEL", edgemode = "directed")
  g2 <- graph::addNode ('A', g2)
  g2 <- graph::addNode ('D', g2)
  g2 <- graph::addNode ('E', g2)

  g2 <- initNodeAttribute (g2, "label", "char", "default node label")
  g2 <- initEdgeAttribute (g2, "edgeType", "char", "unspecified")
  g2 <- initEdgeAttribute (g2, "probability", "numeric", 0.0)

  nodeData (g2, 'D', 'label') <- 'Gene D'
  nodeData (g2, 'E', 'label') <- 'Gene E'

  g2 <- graph::addEdge ('D', 'E', g2)
  g2 <- graph::addEdge ('A', 'E', g2)

  edgeData (g2, 'D', 'E', 'probability') <- 0.95
  edgeData (g2, 'D', 'E', 'edgeType') <- 'literature'
  edgeData (g2, 'A', 'E', 'edgeType') <- 'inferred'

  addGraphToGraph (cw3, g2)
  redraw (cw3)
  layout (cw3)


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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