R语言 RamiGO包 getAmigoTree()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getAmigoTree(RamiGO)
getAmigoTree()所属R语言包：RamiGO

                                         Getting the DAG GO tree for a set of GO ID's.
                                         一套好ID的获取DAG的好树。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Getting the DAG GO tree for a set of GO ID's from AmiGO. Saves it as a png, svg or dot file. Returns the webserver response as a string.
获取一套好身份证DAG的好树是从朋友。它保存为一个PNG，SVG或dot文件。作为一个字符串返回Web服务器响应。


用法----------Usage----------


getAmigoTree(goIDs, color, filename, picType = "png",
  modeType = "advanced", webserver, saveResult=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：goIDs
is a vector of GO ID's.  
是一个好ID的向量。


参数：color
is a vector of colors(). Either of length 1 or length(goIDs).  
是颜色矢量（）。无论是长度为1或长度（goIDs）。


参数：filename
is the output filename. If the file ending is missing or not matching the picType, the file ending is automatically fixed (replaced or created).  
是输出文件名。如果结尾的文件丢失或不匹配picType，结尾的文件会自动修复（更换或创建）。


参数：picType
supports "png","svg" and "dot". default is "png".  
支持“PNG”，“SVG”和“点”。默认为“PNG”。


参数：modeType
is the AmiGO query mode, only "advanced" supported.  
是AMIGO查询模式，唯一的“先进”的支持。


参数：webserver
is by default the AmiGO webserver. You can specify another one.  
默认情况下，是的AMIGO网络服务器。你可以指定另一个。


参数：saveResult
saving the results as a png, svg or dot file. Default is TRUE.  
作为一个PNG，SVG或点文件保存的结果。默认值是TRUE。


Details

详情----------Details----------

The edge colors in the tree represent the relationship between two nodes. In particular: green=positively regulates, red=negatively regulates, black=regulates, blue=is a, light blue=part of. The tree represents the set of input GO ID's and all parents of those GO ID's.
在树边的颜色代表两个节点之间的关系。特别是：绿色=积极的调节，红色=负向调节，调节黑色=，=蓝色，淡蓝色部分。树代表了一套输入好ID和这些好ID的所有父母。


值----------Value----------


参数：res
string with the webserver response.  
字符串与Web服务器的响应。


作者（S）----------Author(s)----------



Markus Schroeder <mschroed@jimmy.harvard.edu>




举例----------Examples----------


## set GO ID's and color[＃设置好编号和颜色]
goIDs <- c("GO:0051130","GO:0019912","GO:0005783")
color <- c("lightblue","red","yellow")

## get results[＃得到的结果]
pp <- getAmigoTree(goIDs=goIDs,color=color,
  filename="example")
ss <- getAmigoTree(goIDs=goIDs,color=color,
  filename="example",picType="svg",saveResult=FALSE)
dd <- getAmigoTree(goIDs=goIDs,color=color,
  filename="example",picType="dot",saveResult=FALSE)

ppNoColor <- getAmigoTree(goIDs=goIDs,
  filename="example-no-color",saveResult=FALSE)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。