fit.model(rama)
fit.model()所属R语言包：rama
Robust estimation of microarray intensities with replicates
芯片强度与复制的鲁棒估计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimate the log transformed intensities of each sample of a replicated microarray experiment. The estimation is done via Hiearchical Bayesian Modeling.
估计每一个复制的基因芯片实验样本的log转化强度。估计完成通过Hiearchical贝叶斯建模。
用法----------Usage----------
verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：sample1
The matrix of intensity from the sample 1. Each row corresponds to a different gene.
从样品1矩阵的强度。每一行对应一个不同的基因。
参数：sample2
The matrix of intensity from the sample 2. Each row corresponds to a different gene.
从样品2矩阵的强度。每一行对应一个不同的基因。
参数：B
The number of iteration used the MCMC algorithm.
迭代次数使用的MCMC算法。
参数：min.iter
The length of the burn-in period in the MCMC algorithm.min.iter should be less than B.
MCMC算法在烧伤期间的长度。min.iter应该小于B
参数：batch
The thinning value to be used in the MCMC. Only every batch-th iteration will be stored.
细化值将用于在MCMC方法。只有每batch次迭代将被保存。
参数：mcmc.obj
An object of type mcmc, as returned by fit.model. mcmc.obj is used to initialized the MCMC. If no mcmc.obj, the MCMC is initialized to the least squares estimates.
MCMC类型的对象，返回fit.model的。 mcmc.obj用于初始化的MCMC。如果没有mcmc.obj，初始化最小二乘估计的MCMC。
参数：shift
The shift to be used in the log transformation. If shift=NULL is specified (default), it is estimated using est.shift
这种转变，要使用log转换。如果shift=NULL指定（默认），据估计使用est.shift
参数：dye.swap
A logical value indicating if the experiment was a dye swap experiment.
一个逻辑值，指出如果实验是一种染料交换实验。
参数：nb.col1
An integer value corresponding to the number of arrays (columns) in the first group of the dye swap experiment. In other words, the number of replicates before the dyes have been swaped.
一个整数值，对应于阵列（列）在第一组的染料交换实验。换句话说，复制之前，染料已Valpha和Vbeta。
参数：all.out
A logical value indicating if all the parameters should be outputted. If all.out is FALSE, only the posterior mean is outputted. This could be used to save memory.
一个逻辑值，指示是否应输出的所有参数。 all.out如果是FALSE，只有后平均输出。这可以用来节省内存。
参数：ci
A number between 0 and 1 corresponding to the level used when computing log ratio credible intervals. If all.out is FALSE, this option is ignored.
一个介于0和1之间的数相应log率可信区间计算时使用的水平。 all.out如果是FALSE，则忽略此选项。
参数：verbose
A logical value indicating if the current MCMC iteration number should be printed out.
一个逻辑值，指出应打印出来，如果当前的MCMC迭代次数。
Details
详情----------Details----------
The function fits a hierarchical Bayesian model for robust estimation of cDNA microarray intensities. Our model addresses classical issues such as design effects, normalization and transformation. Outliers are modeled explicitly using a t-distribution. Parameter estimation is carried out using Markov Chain Monte Carlo.
该功能适合的cDNA微阵列强度稳健估计的分层贝叶斯模型。我们的模型解决经典问题，如设计效果，规范化和改造。离群建模明确使用t分布。使用马尔可夫链蒙特卡洛进行了参数估计。
值----------Value----------
An object of type mcmc containing the sampled values from the posterior distribution.
mcmc包含从后验分布的采样值类型的对象。
参数：mu
A vector containing the sampled values from mu, the baseline intensity.
一个向量，包含mu，基线强度的采样值。
参数：alpha2
A vector containing the sampled values from alpha2, the sample effect.
一个向量，包含采样值从alpha2，样本效应。
参数：beta2
A vector containing the sampled values from beta2, the dye effect.
一个向量，包含从beta2，染料效果的采样值。
参数：delta22
A vector containing the sampled values from delta_22, the dye*sample interaction.
一个向量，包含从delta_22，染料*样品互动的采样值。
参数：eta
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding array effect.
A矩阵，每一行包含从相应的阵列效果的采样值。
参数：gamma1
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene effect in sample 1.
A矩阵，每一行包含从相应的基因的作用在样品1的采样值。
参数：gamma2
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene effect in sample 1.
A矩阵，每一行包含从相应的基因的作用在样品1的采样值。
参数：q.low
A vector containing the lower bounds for the log ratio credible intervals, i.e. the credible intervals for gamma1-gamma2.
一个向量，包含数比可信区间的下限，即gamma1-gamma2可信区间。
参数：q.up
A vector containing the upper bounds for the log ratio credible intervals, i.e. the credible intervals for gamma1-gamma2.
一个向量，包含数比可信区间的上限，即gamma1-gamma2可信区间。
参数：lambda.gamma1
A vector containing the sampled values for the precision of the gene effect prior in sample 1.
一个向量，包含精密的基因效应在样品1事先的采样值。
参数：lambda.gamma2
A vector containing the sampled values for the precision of the gene effect prior in sample 2.
一个向量，包含精密的基因效应前样品2的采样值。
参数：rho
A vector containing the sampled values from between sample correlation coefficient rho
一个向量，包含采样值之间的样本相关系数rho
参数：lambda_eps1
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene precision in sample 1.
A矩阵，每一行包含在相应的基因样本1精密的采样值。
参数：lambda_eps2
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene precision in sample 2.
A矩阵，每一行包含在相应的基因样本2精密的采样值。
参数：a.eps
A vector containing the sampled values for the mean of the prior of the genes precision.
一个向量，其中包含的基因精确的前平均采样值。
参数：b.eps
A vector containing the sampled values for the variance of the prior of the genes precision.
含有变异的基因精确的事先的采样值的一个向量。
参数：w
A matrix, each element (i,j) correspond to the posterior mean of the sampled weights of replicate j in gene i.To save memory, we only store the posterior means of the weigths.
一个矩阵，每个元素（I，J）对应复制j在基因i.To保存内存的重采样后的平均值，我们只存储的weigths后手段。
参数：shift
The value of the shift.
移位的价值。
作者（S）----------Author(s)----------
Raphael Gottardo
参考文献----------References----------
Raphael Gottardo, Adrian E. Raftery, Ka Yee Yeung, and Roger Bumgarner
参见----------See Also----------
est.shift
est.shift
举例----------Examples----------
data(hiv)
mcmc.hiv<-fit.model(hiv[1:10,c(1:4)],hiv[1:10,c(5:8)],B=2000,min.iter=000,batch=1,shift=30,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2)
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发表于 2012-2-26 11:53:28
