R语言 R453Plus1Toolbox包 demultiplexReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

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demultiplexReads(R453Plus1Toolbox)
demultiplexReads()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Performs MID/Multiplex filtering
                                         执行中/多重过滤

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Roche's Genome Sequencer allows to load two or more samples on one region. To allocate sequences to samples, each sample has  a unique multiplex sequence. The multiplex sequence should be the prefix of all sequences from that sample. This method demultiplexes a given set of sequences according to the given
罗氏公司的基因组测序，允许加载一个区域的两个或更多的样本。分配序列样本，每个样本有一个独特的多重序列。多元化的顺序应该是从该样本的所有序列的前缀。这种方法解复用给定的序列根据给定的


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'XStringSet,XStringSet,numeric,logical'



参数----------Arguments----------

参数：reads
A DNAStringSet instance that contains reads starting  with MIDs
一个DNAStringSet实例，其中包含读取与MID的开始


参数：mids
A DNAStringSet instance that contains the MIDs
一个DNAStringSet实例包含的MID


参数：numMismatches
The maximal number of mismatches allowed, default 2.
允许的最大数量不匹配，默认2。


参数：trim
Whether the MIDs should be cutted-out, default TRUE
无论是MID的应该是cutted，默认为true


Details

详情----------Details----------

All given MIDs must have the same length. The algorithm computes the number of mismachtes for each MID. The read is assigned to the MID with the lowest number of mismatches. If two or more MIDs have the same number of mismachtes, or if the number of mismachtes is greater than the given argument numMismachtes, the read is not
所有的MID必须具有相同的长度。该算法计算每个MID的数量mismachtes。读被分配到中期的最低数量不匹配。如果有两个或两个以上的MID相同数量的mismachtes，或者如果的mismachtes数量比给定的参数numMismachtes更大，读不


值----------Value----------

demultiplexReads returns a list with one DNAStringSet
demultiplexReads返回一个DNAStringSet列表


作者（S）----------Author(s)----------


Hans-Ulrich Klein



参见----------See Also----------

genomeSequencerMIDs, DNAStringSet
genomeSequencerMIDs，DNAStringSet


举例----------Examples----------


        library(Biostrings)
    mids = genomeSequencerMIDs(c("MID1", "MID2", "MID3"))
    reads = DNAStringSet(c(
        paste(as.character(mids[["MID1"]]), "A", sep=""),
        paste(as.character(mids[["MID1"]]), "AA", sep=""),
        paste(as.character(mids[["MID2"]]), "AAA", sep="")))
    demultiplexReads(reads, mids)

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