R语言 R453Plus1Toolbox包 coverageOnTarget()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

coverageOnTarget(R453Plus1Toolbox)
coverageOnTarget()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                         Computes the coverage restricted to the target region.
                                         计算限制目标区域的覆盖。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This method computes the approximate coverage of each base in a given region.
这种方法计算各碱基在某一区域的大约覆盖。


用法----------Usage----------


coverageOnTarget(alnReads, targetRegion)



参数----------Arguments----------

参数：alnReads
A list as returned by scanBam storing aligned reads.  
一个scanBam存储对齐返回列表读取。


参数：targetRegion
The target region as a RangesList. The chromosome names must fit to the chromosome names used in the alignment information of the given reads.  
作为一个RangesList的目标区域。染色体的名称必须符合在染色体中的读取对齐信息使用的名称。


Details

详情----------Details----------

The detailed alignment information given by the CIGAR strings in .bam files are ignored by the function. Instead, it is assumed that the whole read alignes to the reference without indels. This is often not true for longer read (e.g. generated with Roche 454 Sequencing), but saves computation time.
详细路线信息由CIGAR字符串。BAM文件被忽略的功能。相反，它是假设整个读alignes没有INDELS参考。这往往是不是真正更长的读取（如罗氏454测序产生），但可以节省计算时间。


值----------Value----------

A list of the same length as the alnReads argument. Each list element is an integer vector of the same length as the target region (in bases) and stores the coverage generated by the reads from the corresponding list element of alnReads.
一个相同长度的alnReads参数列表。每个列表元素是整数向量的目标区域的长度相同（碱基）和存储从相应的列表元素alnReads读取生成的覆盖面。


作者（S）----------Author(s)----------



Hans-Ulrich Klein




参见----------See Also----------

scanBam
scanBam


举例----------Examples----------


library(Rsamtools)
bamFile = system.file("extdata", "StructuralVariantDetection", "bam", "N01.bam", package="R453Plus1Toolbox")
bam = scanBam(bamFile)
region = RangesList("11"=IRanges(start=118307205, end=118395936))
cov = coverageOnTarget(bam, region)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。