R语言 R453Plus1Toolbox包 complexity.entropy()函数中文帮助文档(中英文对照)

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complexity.entropy(R453Plus1Toolbox)
complexity.entropy()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Sequence Complexity Using The Shannon-Wiener Algorithm
                                         序列的复杂性，使用的Shannon-Wiener算法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function evaluates the sequence complexity using the Shannon-Wiener Algorithm.
此函数计算序列的复杂性，使用的Shannon-Wiener算法。


用法----------Usage----------


  complexity.entropy(object, xlab="Complexity score (0=low, 100=high)", ylab="Number of sequences",
    xlim=c(0, 100), col="firebrick1", breaks=100, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class DNAStringSet, ShortRead or SFFContainer.
对象类DNAStringSet，ShortRead或SFFContainer。


参数：xlab
The X axis label.
X轴的标签。


参数：ylab
The Y axis label.
Y轴的标签。


参数：xlim
The limits of the X axis.
X轴的限制。


参数：col
The plotting color.
绘制的颜色。


参数：breaks
The number of breaks in the histogram (see "hist").
的在直方图截断数（见“历史”）。


参数：...
Arguments to be passed to methods, such as graphical parameters (see "par").
参数被传递到方法，如图形参数（见“面值”）。


Details

详情----------Details----------

The entropy approach evaluates the entropy of trinucleotides in a sequence. The entropy values are  scaled from 0 to 100 and lower entropy values imply lower complexity. A sequence of homopolymer  repeats (e.g. TTTTTTTTTT) has an entropy value of 0, of dinucleotide repeats (e.g. TATATATATA) has  an entropy value around 16, and of trinucleotide repeats (e.g. TAGTAGTAG) has an entropy value  around 26. Scores below 70 can be considered low-complexity.
熵方法计算的三核苷酸序列中的熵。熵值从0到100缩放和较低的熵值意味着较低的复杂度。一个（如TTTTTTTTTT）均聚物重复序列核苷酸重复序列的熵值0，（如TATATATATA）大约有16熵值，三核苷酸重复（如TAGTAGTAG）大约有26的熵值。可以考虑低复杂度低于70分。


值----------Value----------

A numeric vector containing the complexity score for each sequence.
一个数字的向量，为每个序列的复杂性得分。


作者（S）----------Author(s)----------



Christian Ruckert




参考文献----------References----------

Bioinformatics, 2011 Mar 15;27(6):863-4.
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注：
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