R语言 R453Plus1Toolbox包 alignShortReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

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alignShortReads(R453Plus1Toolbox)
alignShortReads()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Exact alignment of DNA sequences against a reference
                                         DNA序列对参考的精确对齐

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This method aligns given sequences against a given reference genome using the matchPDict method. Only exact (no errors) and unique
赞同此方法对一个给定的参考使用matchPDict方法的基因组的序列。只有准确（没有错误）和独特的


用法----------Usage----------


alignShortReads(object, bsGenome, seqNames, ensemblNotation)



参数----------Arguments----------

参数：object
The reads that should be aligned agiven either as a DNAStringSet or a AVASet instance. In the latter case the reference sequences are extracted and aligned.
读取应对准agivenDNAStringSet或AVASet实例。在后一种情况的参考序列中提取并对齐。


参数：bsGenome
A bsGenome instance providing the reference sequences.
一个bsGenome实例提供参考序列。


参数：seqNames
The names of the sequences in bsGenome that should be used. If omitted, all reference sequences are used.
bsGenome，序列的名称应使用。如果省略，用于所有的参考序列。


参数：ensemblNotation
If set to TRUE, “chr” is removed from the reference sequences' names in the returned alignment. Default value is FALSE.
如果设置为TRUE，“CHR”从返回对齐的参考序列的名字。默认值为FALSE。


Details

详情----------Details----------

All reads are aligned against the reference and its reverse complement. If the reads are not in 5' to 3' orientation, they should be reversed before. Note that only exact and unique alignments are
所有读取数据是一致的，对参考和反向补充。如果读取是在5至3方向，他们应该得到扭转。请注意，只有准确和独特的路线


值----------Value----------

An object of class AlignedRead or a AVASet instance.
类AlignedRead或AVASet实例的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Hans-Ulrich Klein



参见----------See Also----------

matchPDict, DNAStringSet,  AlignedRead, AVASet
matchPDict，DNAStringSet，AlignedRead，AVASet


举例----------Examples----------


library("BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2")
reads = DNAStringSet(c(
  "CCGTTCAAAGAGCCCTTGGCCCATAATCCACCGGTT",
  "ATCCTGCCACAGGAGTCCATGGAGGTTTCGCCA"))
alignShortReads(reads, Scerevisiae, seqNames="chrIII")

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