R语言 qpgraph包 qpTopPairs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

qpTopPairs(qpgraph)
qpTopPairs()所属R语言包：qpgraph

                                         Report pairs of variables
                                         报告对变量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Report a top number of pairs of variables according to either an association measure and/or occurring in a given reference graph.
报告对上面的数字变量，根据协会的措施和/或发生在一个给定的参考图。


用法----------Usage----------


qpTopPairs(measurementsMatrix=NULL, refGraph=NULL, n=6L, file=NULL,
           decreasing=FALSE, pairup.i=NULL, pairup.j=NULL,
           annotation=NULL, fcOutput=NULL, fcOutput.na.rm=FALSE,
           digits=2)



参数----------Arguments----------

参数：measurementsMatrix
matrix containing the measure of association between all pairs of variables.
矩阵包含对所有变量之间的关联措施。


参数：refGraph
a reference graph containing the pairs that should be reported and provided either as an adjacency matrix, a graphNEL-class object or a graphAM-class object.
包含对应邻接矩阵graphNEL-class对象或graphAM-class对象的报告，并提供一个参考图。


参数：n
number of pairs to report, 6 by default, use Inf for reporting all of them.
默认情况下，对报告，6，使用Inf报告所有。


参数：file
file name to dump the pairs information as tab-separated column text.
倾倒对制表符分隔列文本信息的文件名称。


参数：decreasing
logical; if TRUE then the measurements are employed to be ordered in decreasing order; if FALSE then in increasing order.
逻辑;如果为TRUE，然后测量以递减顺序排列，如果为FALSE，然后在递增顺序。


参数：pairup.i
subset of vertices to pair up with subset pairup.j.
顶点子集的子集pairup.j配对。


参数：pairup.j
subset of vertices to pair up with subset pairup.i.
顶点子集的子集pairup.i配对。


参数：annotation
name of an annotation package to transform gene identifiers into gene symbols when variables correspond to genes.
一个注解包名转换成基因符号，基因标识，当变量对应的基因。


参数：fcOutput
output of qpFunctionalCoherence.
输出qpFunctionalCoherence。


参数：fcOutput.na.rm
flag set to TRUE when pairs with NA values from fcOutput should not be reported; FALSE (default) otherwise.
标志设置为TRUE时，对用NA值fcOutput不应报;FALSE（默认），否则。


参数：digits
number of decimal digits reported in the association measure and functional coherence values.
在该协会的措施和功能的一致性值小数位数报告。


Details

详情----------Details----------

The measurementsMatrix should be symmetric and may have also contain NA values which will not be taken into account. That is an alternative way to restricting the variable pairs with the parameters pairup.i and pairup.j. The same holds for refGraph. One of these two, should be specified.
measurementsMatrix应该是对称的，可能也包含NA值不会考虑。这是另一种方式限制变量对参数pairup.i和pairup.j。同样拥有refGraph。这两个之一，应指定。


值----------Value----------

The ranking of pairs is invisibly returned.
对排名无形中返回。


作者（S）----------Author(s)----------


R. Castelo



参见----------See Also----------

qpGraph qpPrecisionRecall qpFunctionalCoherence
qpGraphqpPrecisionRecallqpFunctionalCoherence


举例----------Examples----------


qpTopPairs(matrix(runif(100), nrow=10, dimnames=list(1:10,1:10)))

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。