pvacFilter(pvac)
pvacFilter()所属R语言包：pvac
Filter genes by the proportion of variation accounted for by the first principal component (PVAC)
筛选基因变异的比例占第一主成分（聚醋酸乙烯酯）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Compute the PVAC scores, derive a filtering threshold value, and return the names of probesets that have passed the filter
计算的聚醋酸乙烯酯的成绩，获得过滤阈值，并返回已通过过滤器的名称probesets
用法----------Usage----------
pvacFilter(abatch, pct=0.99)
参数----------Arguments----------
参数：abatch
an instance of AffyBatch from the function call ReadAffy
例如AffyBatch从函数调用ReadAffy
参数：pct
the percentile value of the emperical distribution of PVAC scores of a set of “non-expressed” genes. Used to select the filtering threshold. The default value is 0.99.
emperical一套“非表示”基因的聚醋酸乙烯酯分数分布的百分位值。用于选择过滤阈值。默认值是0.99。
Details
详情----------Details----------
This function implements a new filtering method for Affymetrix GeneChips, based on principal component analysis (PCA) on the probe-level expression data. Given that all the probes in a probeset are designed to target one or a common cluster of transcripts, the measurements of probes in a probeset should be correlated. The degree of concordance of gene expression among probes can be approximated by the proportion of variation accounted by the first principal component (PVAC). Using a wholly defined spike-in dataset, we have shown that filtering by PVAC provides increased sensitivity in detecting truly differentially expressed genes while controlling the false discoveries. The filtering threshold value is chosen from the PVAC score distribution in a set of “non-expressed” gene (those with absent calls in all samples).
此功能实现了Affymetrix的基因芯片的新过滤方法，探针表达数据的主成分分析（PCA）的基础。鉴于所有的探针在probeset旨在针对一个或成绩单常见的聚类，在probeset探针的测量应密切相关。第一主成分（聚醋酸乙烯酯）占的比例的变化可以近似的探针之间的基因表达的一致性程度。使用全定义穗集，我们已经表明，由聚醋酸乙烯酯的过滤提供真正差异表达的基因检测的灵敏度，同时控制假发现增加。过滤阈值选择由聚醋酸乙烯酯的得分分布在一组“非表达基因（缺席呼吁所有样品中的）。
值----------Value----------
A list with the following components,
以下组件列表，
参数：aset
Names of the probesets that have passed the filter
probesets已通过过滤器的名称
参数：nullset
Names of the presumably “non-expressed” probesets (those with absent calls across all the study samples)
的大概是“非表示”probesets的（缺席呼吁所有的研究样本的名称）
参数：pvac
A named vector containing the PVAC scores of all probesets
一个命名为向量的所有probesets的聚醋酸乙烯酯分数
参数：cutoff
The PVAC cutoff value. The maximum is set to 0.5 (which corresponds to 50% of the total variation in a probeset)
聚醋酸乙烯酯的临界值。最大为0.5（对应50％的总变异中probeset）
作者（S）----------Author(s)----------
Jun Lu
举例----------Examples----------
if ( require(affydata) ) {
data(Dilution)
res = pvacFilter(Dilution)
res$aset[1:5] # 5 probesets that have passed the filter[5，已通过过滤器的probesets]
}
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 11:37:22
