R语言 puma包 pumaPCA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pumaPCA(puma)
pumaPCA()所属R语言包：puma

                                        PUMA Principal Components Analysis
                                         PUMA的主要成分分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function carries out principal components analysis (PCA), taking into account not only the expression levels of genes, but also the variability in these expression levels.
此功能进行主成分分析（PCA），考虑不仅在基因表达水平，而且在这些表达水平的变化。

The various other pumaPCA... functions are called during the execution of pumaPCA
其他各种pumaPCA ...函数被调用时执行pumaPCA


用法----------Usage----------


pumaPCA(
    eset
,   latentDim           =         if(dim(exprs(eset))[2] <= 3)
                                                                dim(exprs(eset))[[2]]-1
                                                        else
                                                                3
,   sampleSize          =        if(dim(exprs(eset))[1] <= 1000)
                                                                 dim(exprs(eset))[[1]]
                                                        else
                                                                1000        ## Set to integer or FALSE for all
,   initPCA             =        TRUE        ## Initialise parameters with PCA
,   randomOrder         =        FALSE        ## Update parameters in random order
,   optimMethod         =        "BFGS"  ## ?optim for details of methods
,   stoppingCriterion   =        "deltaW"## can also be "deltaL"
,   tol                 =        1e-3        ## Stop when delta update < this
,   stepChecks          =        FALSE        ## Check likelihood after each update?
,   iterationNumbers    =        TRUE        ## Show iteration numbers?
,   showUpdates         =        FALSE        ## Show values after each update?
,   showTimings         =        FALSE        ## Show timings after each update?
,   showPlot            =        FALSE        ## Show projection plot after each update?
,   maxIters            =        500                ## Number of EM iterations.
,   transposeData       =        FALSE        ## Transpose eset matrices?
,   returnExpectations  =        FALSE
,   returnData          =        FALSE
,   returnFeedback      =        FALSE
,        pumaNormalize                =        TRUE
)



参数----------Arguments----------

参数：eset
An object of class ExpressionSet.  
对象类ExpressionSet。


参数：latentDim
An integer specifying the number of latent dimensions (kind of like the number of principal components).  
一个整数，指定潜尺寸（一种类似的主要成分）。


参数：sampleSize
An integer specifying the number of probesets to sample (default is 1000), or FALSE, meaning use all the data.  
一个整数，指定数量probesets样品（默认是1000），或FALSE，这意味着使用所有的数据。


参数：initPCA
A boolean indicating whether to initialise using standard PCA (the default, and generally quicker and recommended).   
一个布尔值，指示是否初始化使用标准PCA（默认，和一般更快，推荐）。


参数：randomOrder
A boolean indicating whether the parameters should be updated in a random order (this is generally not recommended, and the default is FALSE).  
这是一个布尔值，指示参数是否应在随机顺序更新（一般不建议，并默认为false）。


参数：optimMethod
See ?optim for details of methods.  
看到了什么？OPTIM方法的细节。


参数：stoppingCriterion
If set to "deltaW" will stop when W changes by less than tol. If "deltaL" will stop when L (lambda) changes by less than tol.  
如果设置“deltaW”将停止时比tolw的变化。的“deltaL”如果将停止比tol当L（λ）的变化。


参数：tol
Tolerance value for stoppingCriterion.  
stoppingCriterion公差值。


参数：stepChecks
Boolean. Check likelihood after each update?  
布尔值。检查每次更新后的可能性有多大？


参数：iterationNumbers
Boolean. Show iteration numbers?  
布尔值。显示迭代人数？


参数：showUpdates
Boolean. Show values after each update?  
布尔值。每次更新后的显示值？


参数：showTimings
Boolean. Show timings after each update?  
布尔值。每次更新后显示计时？


参数：showPlot
Boolean. Show projection plot after each update?  
布尔值。每次更新后显示投影图吗？


参数：maxIters
Integer. Maximum number of EM iterations.  
整数。最大数量的EM迭代。


参数：transposeData
Boolean. Transpose eset matrices?  
布尔值。移调ESET矩阵？


参数：returnExpectations
Boolean. Return expectation values?  
布尔值。返回期望值？


参数：returnData
Boolean. Return expectation data?  
布尔值。返回期望的数据？


参数：returnFeedback
Boolean. Return feedback on progress of optimisation?  
布尔值。返回优化的进展情况的反馈？


参数：pumaNormalize
Boolean. Normalise data prior to running algorithm (recommended)?  
布尔值。 Normalise数据之前运行算法（推荐）？


值----------Value----------

An object of class pumaPCARes
一个对象的类pumaPCARes


作者（S）----------Author(s)----------


Richard D. Pearson



参见----------See Also----------

Related methods pumaDE, createDesignMatrix and createContrastMatrix
相关的方法pumaDE，createDesignMatrix和createContrastMatrix


举例----------Examples----------


        #        Next 4 lines commented out to save time in package checks, and saved version used[接下来的4行注释掉包检查，以节省时间，并保存版本使用]
    # if (require(affydata)) {[（要求（affydata））{]
        #        data(Dilution)[数据（稀释）]
        #        eset_mmgmos &lt;- mmgmos(Dilution)[< -  mmgmos eset_mmgmos（稀释）]
        # }[}]
        data(eset_mmgmos)

        pumapca_mmgmos <- pumaPCA(eset_mmgmos)
        plot(pumapca_mmgmos)

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