pumaClustii(puma)
pumaClustii()所属R语言包:puma
Propagate probe-level uncertainty in robust t mixture clustering on replicated gene expression data
传播复制的基因表达数据的探针在强大的t混合聚类的不确定性
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function clusters gene expression by including uncertainties of gene expression measurements from probe-level analysis models and replicate information into a robust t mixture clustering model. The inputs are gene expression levels and the probe-level standard deviation associated with expression measurement for each gene on each chip. The outputs is the clustering results.
此功能聚类,包括基因表达测量探针水平分析模型,并复制成一个强大的t混合聚类分析模型信息的不确定性基因的表达。输入基因表达水平,并为每个芯片上的每个基因表达测量探针级标准偏差。输出聚类结果。
用法----------Usage----------
pumaClustii(e=NULL, se=NULL, efile=NULL, sefile=NULL,
subset=NULL, gsnorm=FALSE, mincls, maxcls, conds, reps, verbose=FALSE,
eps=1.0e-5, del0=0.01)
参数----------Arguments----------
参数:e
data frame containing the expression level for each gene on each chip.
数据框包含的每个芯片上的每个基因的表达水平。
参数:se
data frame containing the standard deviation of gene expression levels.
数据框包含的基因表达水平的标准偏差。
参数:efile
character, the name of the file which contains gene expression measurements.
字符,名称的文件,其中包含基因表达测量。
参数:sefile
character, the name of the file which contains the standard deviation of gene expression measurements.
字符,名称的文件,其中包含的基因表达测量标准偏差。
参数:subset
vector specifying the row number of genes which are clustered on.
指定行数的基因聚集的向量。
参数:gsnorm
logical specifying whether do global scaling normalisation or not.
逻辑指定是否做全球或不缩放标准化。
参数:mincls
integer, the minimum number of clusters.
整数,团簇的最低数量。
参数:maxcls
integer, the maximum number of clusters.
整数,聚类的最大数量。
参数:conds
integer, the number of conditions.
整数的一些条件。
参数:reps
vector, specifying which condition each column of the input data matrix belongs to.
向量,指定输入数据矩阵的每一列属于何种情况下。
参数:verbose
logical value. If 'TRUE' messages about the progress of the function is printed.
逻辑值。如果“TRUE”功能的进展的消息被打印出来。
参数:eps
numeric, optimisation parameter.
数字,优化参数。
参数:del0
numeric, optimisation parameter.
数字,优化参数。
Details
详情----------Details----------
The input data is specified either by e and se, or by efile and sefile.
输入数据被指定由E和硒,或通过电子文件和sefile。
值----------Value----------
The result is a list with components
结果是一个组件列表
cluster: vector, containing the membership of clusters for each gene; centers: matrix, the center of each cluster; centersigs: matrix, the center variance of each cluster; likelipergene: matrix, the likelihood of belonging to each cluster for each gene; optK: numeric, the optimal number of clusters. optF: numeric, the maximised value of target function.
聚类:向量,含有每个基因簇成员;中心:矩阵,每个聚类的中心; centersigs,每个聚类的中心方差矩阵; likelipergene:矩阵,属于每个聚类的每个基因的可能性; optK :数字聚类的最佳数目。 optF:数字,最大化的目标函数值。
作者(S)----------Author(s)----------
Xuejun Liu
参考文献----------References----------
Including probe-level measurement error in robust mixture clustering of replicated microarray gene expression, technical report available upon request.
Propagating probe-level uncertainty in model-based gene expression clustering, BMC Bioinformatics, 8:98.
Affymetrix probe-level analysis across multiple chips, Bioinformatics, 21(18):3637-3644.
参见----------See Also----------
Related method mmgmos and pumaClust
相关方法mmgmos和pumaClust
举例----------Examples----------
data(Clustii.exampleE)
data(Clustii.exampleStd)
r<-vector(mode="integer",0)
for (i in c(1:20))
for (j in c(1:4))
r<-c(r,i)
cl<-pumaClustii(Clustii.exampleE,Clustii.exampleStd,mincls=6,maxcls=6,conds=20,reps=r,eps=1e-3)
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