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R语言 puma包 plotErrorBars()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-26 11:35:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
plotErrorBars(puma)
plotErrorBars()所属R语言包:puma

                                        Plot mean expression levels and error bars for one or more probesets
                                         图意味着一个或多个probesets表达水平和错误栏

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This produces plots of probesets of interest.
这产生的利息probesets图。


用法----------Usage----------


plotErrorBars(
        eset
,        probesets = if(dim(exprs(eset))[1] <= 12) 1:dim(exprs(eset))[1] else 1
,        arrays = 1:dim(pData(eset))[1] # default is to use all
,        xlab = paste(colnames(pData(eset))[1:numOfFactorsToUse(eset)], collapse=":")
,        ylab = "Expression Estimate"
,        xLabels = apply(
                  as.matrix(pData(eset)[arrays,1:numOfFactorsToUse(eset)])
                , 1
                , function(mat){paste(mat, collapse=":")}
                )
,        ylim = NA
,        numOfSEs = qnorm(0.975)
,        globalYlim = FALSE # Not yet implemented!
,        plot_cols = NA
,        plot_rows = NA
,        featureNames = NA
,        showGeneNames = TRUE
,        showErrorBars = if(
                                        length(assayDataElement(eset,"se.exprs"))==0 ||
                                        length(assayDataElement(eset,"se.exprs")) == sum(is.na(assayDataElement(eset,"se.exprs")))
                                        ) FALSE else TRUE
,        plotColours = FALSE
,        log.it = if(max(exprs(eset)) > 32) TRUE else FALSE
,        eset_comb = NULL
,        jitterWidth = NA
,        qtpcrData = NULL
, ...
)



参数----------Arguments----------

参数:eset
An object of class ExpressionSet. This is the main object being plotted.  
对象类ExpressionSet。这是正在绘制的主要对象。


参数:probesets
A vector of integers indicating the probesets to be plotted. These integers refer to the row numbers of the eset.  
一个表示probesets的整数向量绘制。这些整数是指到eset行数。


参数:arrays
A vector of integers indicating the arrays to be shown on plots.  
说明上图所示的阵列的整数向量。


参数:xlab
Character string of title to appear on x-axis  
出现在x轴的标题字符的字符串


参数:ylab
Character string of title to appear on y-axis  
出现在Y轴的标题字符的字符串


参数:xLabels
Vector of strings for labels of individual points on x-axis.  
向量为x轴的各个点的标签的字符串。


参数:ylim
2-element numeric vector showing minimum and maximum values for y-axis.  
2元的数字矢量显示为Y轴的最小值和最大值。


参数:numOfSEs
Numeric indicating the scaling for the error bars. The default value give error bars that include 95% of expected values.  
数字显示,误差棒的结垢。默认值给错误的条形,其中包括95%的预期值。


参数:globalYlim
Not yet implemented!  
尚未实现!


参数:plot_cols
Integer specifying number of columns for multi-figure plot.  
整数,指定多图积数列。


参数:plot_rows
Integer specifying number of rows for multi-figure plot.  
整数,指定数量多图积行。


参数:featureNames
A vector of strings for featureNames (Affy IDs). This is an alternative (to the probesets argument) way of specifying probe sets.  
featureNames(Affy IDS)的字符串向量。这是另一种(probesets论点)指定探针组合的方式。


参数:showGeneNames
Boolean indicating whether to use Affy IDs as titles for each plot.  
布尔值,指示是否使用Affy标识,每个小区称号。


参数:showErrorBars
Boolean indicating whether error bars should be shown on plots.  
布尔值,指示错误条形是否应在图上显示。


参数:plotColours
A vector of colours to plot.  
一个图色彩的向量。


参数:log.it
Boolean indicating whether expression values should be logged.  
布尔值,指示是否应该记录的表达式值。


参数:eset_comb
An object of class ExpressionSet. This is a secondary object to be plotted on the same charts as eset. This should be an object created using pumaComb and pumaCombImproved which holds the values created by combining information from the replicates of each condition.  
对象类ExpressionSet。这是一个次要的对象eset相同的图表绘制。这应该是使用pumaComb和pumaCombImproved持有的价值观相结合,从每个条件重复的信息创建一个对象创建。


参数:jitterWidth
Numeric indicating the x-axis distance between replicates of the same condition.  
数字显示之间的重复相同的条件下x轴的距离。


参数:qtpcrData
A 2-column matrix of qRT-PCR values (or other data to be plotted on the same charts).  
一个QRT-PCR值的2列的矩阵(或其他数据将在同一个图表绘制)。


参数:...
Additional arguments to be passed to plot.  
额外的参数被传递到plot。


值----------Value----------

This function has no return value. The output is the plot created.
这个函数没有返回值。输出是创建的图。


作者(S)----------Author(s)----------


Richard D. Pearson



举例----------Examples----------


        #        Next 4 lines commented out to save time in package checks, and saved version used[接下来的4行注释掉包检查,以节省时间,并保存版本使用]
    # if (require(affydata)) {[(要求(affydata)){]
        #        data(Dilution)[数据(稀释)]
        #        eset_mmgmos &lt;- mmgmos(Dilution)[< -  mmgmos eset_mmgmos(稀释)]
        # }[}]
        data(eset_mmgmos)
        plotErrorBars(eset_mmgmos)
        plotErrorBars(eset_mmgmos,1:6)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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