mmgmos(puma)
mmgmos()所属R语言包：puma
Multi-chip modified gamma Model for Oligonucleotide Signal
多芯片修改寡核苷酸信号的伽玛模式
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function converts an object of class AffyBatch into an object of class exprReslt using the Multi-chip modified gamma Model for Oligonucleotide Signal (multi-mgMOS). This function obtains confidence of measures, standard deviation and 5, 25, 50, 75 and 95 percentiles, as well as the estimated expression levels.
此功能转换成一个类的对象AffyBatch到一个类的对象exprReslt使用多芯片修改寡核苷酸信号的伽玛模式（多mgMOS）。此功能获得信心的措施，标准偏差和5，25，50，75和95百分位数，以及估计的表达水平。
用法----------Usage----------
mmgmos(
object
, background=FALSE
, replaceZeroIntensities=TRUE
, gsnorm=c("median", "none", "mean", "meanlog")
, savepar=FALSE
, eps=1.0e-6
, orig.phis = FALSE
, addConstant = 0
)
参数----------Arguments----------
参数：object
an object of AffyBatch
一个AffyBatch的对象
参数：background
Logical value. If TRUE, perform background correction before applying mmgmos.
逻辑值。如果TRUE，前申请mmgmos执行背景校正。
参数：replaceZeroIntensities
Logical value. If TRUE, replace 0 intensities with 1 before applying mmgmos.
逻辑值。如果TRUE，取代前1申请mmgmos 0强度。
参数：gsnorm
character. specifying the algorithm of global scaling normalisation.
字符。指定全球缩放标准化的算法。
参数：savepar
Logical value. If TRUE the estimated parameters of the model are saved in file par\_mmgmos.txt and phi\_mmgmos.txt.
逻辑值。如果TRUE估计模型的参数都保存在文件面值\ _mmgmos.txt和phi \ _mmgmos.txt。
参数：eps
Optimisation termination criteria.
优化终止条件。
参数：orig.phis
Logical value. If TRUE, use phi values created from hgu95a array.
逻辑值。如果TRUE，使用hgu95a阵列创建pHi值。
参数：addConstant
numeric. This is an experimental feature and should not generally be changed from the default value.
数字。这是一个实验性的功能，一般不应从默认值改变。
Details
详情----------Details----------
The obtained expression measures are in log base 2 scale.
获得表达措施的log2碱基规模。
The algorithms of global scaling normalisation can be one of "median", "none", "mean", "meanlog". "mean" and "meanlog" are mean-centered normalisation on raw scale and log scale respectively, and "median" is median-centered normalisation. "none" will result in no global scaling normalisation being applied.
全球尺度标准化的算法可以是一个“中位数”，“无”，“意思”，“meanlog”。 “是什么意思”和“meanlog原料规模均值为中心的标准化和规模分别记录，”中位数“是中位数的中心标准化。 “无”，将导致被应用在没有全球性的比例标准化。
There are 2*n+2 columns in file par\_mmgmos.txt, n is the number of chips. The first n columns are 'alpha' values for n chips, the next n columns are 'a' values for n chips, column 2*n+1 is 'c' values and the final column is values for 'd'. The file phi\_mmgmos.txt keeps the final optimal value of 'phi'.
有2 * N +2档杆列\ _mmgmos.txt，n是芯片的数量。第n列n的芯片阿尔法值，接下来的n列n的芯片A值，列2 * N +1“C”值，最后一列是D的值。文件披\ _mmgmos.txt保持“披”最后的最优值。
值----------Value----------
An object of class exprReslt.
对象类exprReslt。
作者（S）----------Author(s)----------
Xuejun Liu, Magnus Rattray, Marta Milo, Neil D. Lawrence
参考文献----------References----------
Affymetrix probe-level analysis across multiple chips, Bioinformatics 21: 3637-3644.
oligonucleotide gene expression data, technical report available upon request.
levels from oligonucleotide arrays, Biochemical Society Transactions, 31: 1510-1512.
参见----------See Also----------
Related class exprReslt-class and related method mgmos
相关类exprReslt-class和相关的方法mgmos
举例----------Examples----------
## Code commented out to speed up checks[＃代码注释掉加快检查]
## load example data from package affydata[＃从包affydata加载数据为例]
# if (require(affydata)) data(Dilution)[（要求（affydata））数据（稀释）]
## use method mmgMOS to calculate the expression levels and related confidence [＃使用方法mmgMOS的计算表达水平和相关的信心]
## of the measures for the example data[＃示例数据的措施]
#eset<-mmgmos(Dilution)[ESET <-mmgmos（稀释）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 11:34:45
