R语言 puma包 calculateTtest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calculateTtest(puma)
calculateTtest()所属R语言包：puma

                                        Calculate differential expression between conditions using T-test
                                         计算之间使用T-检验条件的差异表达

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Automatically creates design and contrast matrices if not specified. This function is useful for comparing T-test results with those of other differential expression (DE) methods such as pumaDE.
自动创建的设计，如果不指定的对比矩阵。这个功能是有用的比较与其他差异表达（DE）的方法，如pumaDEt检验结果。


用法----------Usage----------


calculateTtest(
        eset
,        design.matrix = createDesignMatrix(eset)
,        contrast.matrix = createContrastMatrix(eset)
)



参数----------Arguments----------

参数：eset
An object of class ExpressionSet  
一个对象的类ExpressionSet


参数：design.matrix
A design matrix  
一个设计矩阵


参数：contrast.matrix
A contrast matrix  
对比矩阵


Details

详情----------Details----------

The eset argument must be supplied, and must be a valid ExpressionSet object. Design and contrast matrices can be supplied, but if not, default matrices will be used. These should usually be sufficient for most analyses.
eset参数必须提供的，必须是一个有效的ExpressionSet对象。设计和对比度矩阵可以提供，但如果没有，将使用默认的矩阵。这些通常应足以满足大多数分析。


值----------Value----------

An object of class DEResult.
对象类DEResult。


作者（S）----------Author(s)----------


Richard D. Pearson



参见----------See Also----------

Related methods pumaDE, calculateLimma, calculateFC, createDesignMatrix and createContrastMatrix and class DEResult
相关的方法pumaDE，calculateLimma，calculateFC，createDesignMatrix和createContrastMatrix类DEResult


举例----------Examples----------


        eset_test <- new("ExpressionSet", exprs=matrix(rnorm(400,8,2),100,4))
        pData(eset_test) <- data.frame("class"=c("A", "A", "B", "B"))
        TtestRes <- calculateTtest(eset_test)
        plotErrorBars(eset_test, topGenes(TtestRes))

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