R语言 PROMISE包 PROMISE-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PROMISE-package(PROMISE)
PROMISE-package()所属R语言包：PROMISE

                                         PRojection Onto the Most Interesting Statistical Evidence
                                         投影到最有趣的统计证据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

a tool to identify genomic geatures with a specific biologically interesting pattern of associations with multiple endpoint variables
多个端点变量与特定的生物有趣的协会模式的工具，以确定基因geatures


Details

详情----------Details----------

The PROMISE (PRojection Onto the Most Interesting Statistical Evidence) is performed by calling function PROMISE. The array data and endpoint data are passed through an ExpressionSet; the gene set definition is passed through a GeneSetCollection,  and PROMISE definition is passed through a data frame. promise.genestat and avg.abs.genestat are called internally by PROMISE. Two R routines for calculating association statistics with individual endpoint variable(jung.rstat and spearman.rstat) are  provided in this version. Users could provide their own R routines written in a similar fashion.
无极（投影到最有趣的统计证据）是通过调用函数一诺千金。阵列的数据和端点数据通过一个ExpressionSet;基因组的定义是通过一个GeneSetCollection，一诺千金的定义是通过一个数据框通过。 promise.genestat和avg.abs.genestat内部被称为一诺千金。在这个版本提供两个R个别端点变量（jung.rstat和spearman.rstat）的协会统计计算例程。用户可以提供自己的研发，以类似的方式编写的例程。


作者（S）----------Author(s)----------



Stan Pounds <a href="mailto:stanley.pounds@stjude.org">stanley.pounds@stjude.org</a>; Xueyuan Cao <a href="mailto:xueyuan.cao@stjude.org">xueyuan.cao@stjude.org</a>

Maintainer: Stan Pound <a href="mailto:stanley.pounds@stjude.org">stanley.pounds@stjude.org</a>; Xueyuan Cao <a href="mailto:xueyuan.cao@stjude.org">xueyuan.cao@stjude.org</a>




参考文献----------References----------

Biostatistics 24: 3077-3088.
Bioinformatics  23: 980-987.
PROMISE: a tool to identify genomic features with a specific biologically interesting pattern of associations  with multiple endpoint variables. Bioinformatics 25: 2013-2019

举例----------Examples----------


## load sampExprSet, sampGeneSet, phPatt.[＃加载sampExprSet，sampGeneSet，phPatt。]
data(sampExprSet)
data(sampGeneSet)
data(phPatt)

## Perform PROMISE procedure without GSEA[＃执行承诺没有GSEA程序]
test1<-PROMISE(exprSet=sampExprSet,
             geneSet=NULL,
             promise.pattern=phPatt,
             strat.var=NULL,
             seed=13,
             nperms=10)
            
## Perform PROMISE procedure with GSEA             [＃执行承诺与GSEA程序]
res<-PROMISE(exprSet=sampExprSet,
             geneSet=sampGeneSet,
             promise.pattern=phPatt,
             strat.var=NULL,
             seed=13,
             nperms=10)

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