bslnoff(PROcess)
bslnoff()所属R语言包:PROcess
Baseline Substraction
基线减法
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function estimates the baseline and then removes baseline from the raw spectrum.
这个函数估计的基线,然后删除原始光谱的基线。
用法----------Usage----------
bslnoff(f, breaks = 200, qntl = 0, method = c("loess", "approx"), bw = 0.005, plot = FALSE, ...)
参数----------Arguments----------
参数:f
a matrix with M/Z values in the first column and intensities in the second column
在第二列矩阵与m / z值在第一列和强度
参数:breaks
number of breaks set to M/Z values for finding the local minima or points below a centain quantile of intensities; breaks -1 equally spaced intervals on the log M/Z scale.
数设置为m / z值低于强度centain的分量寻找局部极小点的截断截断-1等距间隔对log的M / Z比例。
参数:qntl
if 0, find local minima; if >0 find intensities < qntl*100th quantile locally.
如果为0,找到局部极小;如果> 0,局部强度<qntl * 100位数。
参数:method
"loess" or "approx" (linear interpolation).
“黄土”或“约”(线性插值)。
参数:bw
the bandwidth to be passed to loess.
带宽被传递到黄土。
参数:plot
TRUE or FALSE, if true, it will plot the raw spectrum, theestimated baseline and the baseline substracted spectrum.
TRUE或FALSE,如果属实,这将绘制的原始谱,theestimated的基线和基线谱中减去。
参数:...
Further parameters that get passed on to plot.
进一步获得通过绘图的参数。
值----------Value----------
a matrix of two columns: the first column being the M/Z values same as the input, and the second column being the baseline substracted spectra.
矩阵的两列:第一列相同的M / Z值作为输入,第二列的基准光谱中减去。
作者(S)----------Author(s)----------
Xiaochun Li
举例----------Examples----------
fdat <- system.file("Test", package = "PROcess")
fs <- list.files(fdat, pattern="\\.*csv\\.*", full.names=TRUE)
f1 <- read.files(fs[1])
fcut <- f1[f1[,1]>0,]
bseoff <-bslnoff(fcut,method="loess",plot=TRUE, bw=0.1)
title(basename(fs[1]))
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