R语言 PREDA包 preprocessingGE()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preprocessingGE(PREDA)
preprocessingGE()所属R语言包：PREDA

                                         Wrapper function for gene expression data preprocessing for differential expression analysis with PREDA
                                         包装功能差普雷达表达分析基因表达数据预处理

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Wrapper function for gene expression data preprocessing for differential expression analysis with PREDA
包装功能差普雷达表达分析基因表达数据预处理


用法----------Usage----------


preprocessingGE(SampleInfoFile = NULL, CELfiles_dir = NULL,
AffyBatchInput = NULL, custom_cdfname, arrayNameColumn = NULL,
sampleNameColumn = NULL, classColumn,
referenceGroupLabel, statisticType, optionalAnnotations = NULL,
retain.chrs = NULL, reference_position_type = "median",
testedTail = "both")



参数----------Arguments----------

参数：SampleInfoFile
Path to sample info file  
样品info文件的路径


参数：CELfiles_dir
Path to directory containing raw CEL data files for Affymetrix arrays  
Affymetrix公司的阵列包含原料CEL的数据文件目录的路径


参数：AffyBatchInput
Alternatively input raw data can be provided as an AffyBatch object. In this case sample classes will be inferred from phenodata contained in AffyBatch object. In particular classColumn parameter will refer to the column in pData(AffyBatchInput) object.  
另外，输入原始数据，可以提供作为AffyBatch对象。在这种情况下，样本类将推断从载phenodata AffyBatch对象。尤其classColumn参数将参照PDATA（AffyBatchInput）对象中的列。


参数：custom_cdfname
Specify the cdf library to be used for data preprocessing  
指定用于数据预处理的CDF库


参数：arrayNameColumn
Column of sampleinfo file containing the name of raw data (CEL) files  
sampleinfo文件名称（CEL）的原始数据列包含文件


参数：sampleNameColumn
Column of sampleinfo file containing the name to be used for samples labels  
sampleinfo文件列载样品标签中使用的名称


参数：classColumn
Column of sampleinfo file containing the label of sample classes. If input raw data are provided as an AffyBatch object, this parameter refers intead to the column in pData(AffyBatchInput) object.  
sampleinfo文件包含的样本类的标签栏。如果输入的原始数据提供作为AffyBatch对象，这个参数是指intead PDATA（AffyBatchInput）对象中列。


参数：referenceGroupLabel
Specify which class label is used for the reference sample used in computing statistics for differential expression.  
指定用于计算统计差异表达的参考样本的类标签。


参数：statisticType
Stastistic for differential expression that is computed on input data. Possible values are "tstatistic", "SAM" (SAM statistical score for differential expression), "FC" (Fold Change), "FCmedian" (fold change computed on medians)  
差异表达stastistic对输入数据进行计算。可能的值是“tstatistic”，“萨姆”（SAM差异表达的统计得分），“财委会”（倍数更改），“FCmedian”（中位数计算倍数变化）


参数：optionalAnnotations
Character vector to select additional annotations fields to be included into the GenomicAnnotations object.  
被列入到GenomicAnnotations对象的特征向量来选择额外的注释字段。


参数：retain.chrs
Numeric vector, containing the list of chromosomes selected for the output GenomicAnnotations object. E.g. set retain.chrs=1:22 to limit the GenomicAnnotations object to chromosomes from 1 to 22. This might be ueseful to limit GenomiAnnotations objects to autosomic chromosomes.  
数字向量，列表中包含的为输出GenomicAnnotations对象选择的染色体。例如设置retain.chrs = 1时22分，以限制GenomicAnnotations对象从1到22条染色体。这限制GenomiAnnotations的对象autosomic染色体可能是ueseful。


参数：reference_position_type
Specify which genomic coordinate must be used as reference position for PREDA analysis. Possible values are "start", "end", "median", "strand.start" or "strand.end".  
指定的基因坐标必须用于参考普雷达分析位置。可能的值是“开始”，“结束”，“中位数”，“strand.start”或“strand.end”。


参数：testedTail
Specify what tail of the distribution will be tested for significantly extreme values in PREDA analysis. Possible values are "both", "upper" or "lower".  
指定将普雷达分析测试显着极端值分布的尾部。可能的值是“既”，“上”或“低”。


Details

详情----------Details----------

Preprocess raw (CEL) files for Affymetrix gene expression arrays using user defined CDF libraries and RMA normalization. Then statistics for differential expression are computed. Then annotations are retrieved from the corresponding annotation library.
原料预处理（CEL）的文件Affymetrix基因表达阵列使用用户定义民防库和RMA标准化。然后计算差异表达的统计数字。注释，然后从相应的注释库检索。

Please note this function is a user-friendly preprocessing function for Affy gene expression microarrays. Step by step preprocessing functions can be used with any other platform.
请注意：此功能是用户友好的预处理功能，为Affy基因表达芯片。一步一步预处理功能，可用于任何其他平台。


值----------Value----------

A DataForPREDA object is returned.
返回一个DataForPREDA对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




参见----------See Also----------

DataForPREDA
DataForPREDA


举例----------Examples----------



## Not run: [＃无法运行：]

require("PREDAsampledata")
CELfilesPath <- system.file("sampledata", "GeneExpression",
package = "PREDAsampledata")
infofile <- file.path(CELfilesPath , "sampleinfoGE_PREDA.txt")
sampleinfo<-read.table(infofile, sep="\t", header=TRUE)


GEDataForPREDA<-preprocessingGE(SampleInfoFile=infofile,
CELfiles_dir=CELfilesPath,
custom_cdfname="gahgu133plus2",
arrayNameColumn=1,
sampleNameColumn=2,
classColumn="Class",
referenceGroupLabel="normal",
statisticType="tstatistic",
optionalAnnotations=c("SYMBOL", "ENTREZID"),
retain.chrs=1:22
)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]


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