R语言 PREDA包 GenomicAnnotationsForPREDAFromfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GenomicAnnotationsForPREDAFromfile(PREDA)
GenomicAnnotationsForPREDAFromfile()所属R语言包：PREDA

                                         Function to create a GenomicAnnotationsForPREDA object from a txt file
                                         1 GenomicAnnotationsForPREDA对象函数来创建一个txt文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to create a GenomicAnnotationsForPREDA object from a txt file
1 GenomicAnnotationsForPREDA对象函数来创建一个txt文件


用法----------Usage----------


GenomicAnnotationsForPREDAFromfile(file, ids_column, chr_column,
start_column, end_column, strand_column, chromosomesNumbers =
NULL, chromosomesLabels = NULL, chromosomesLabelsInput = NULL,
MinusStrandString = "-", PlusStrandString = "+",
optionalAnnotationsColumns = NULL, reference_position_type =
"median", ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
Path to the input txt file containing genomic annotations  
输入txt文件中包含的基因组注释的路径


参数：ids_column
Specify the column from the input txt file with gene (or other genomic features) ids. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
指定TXT基因（或其他基因的功能）IDS从输入文件列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：chr_column
Specify the column from the input txt file with chromosome annotations fields for each ids. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
指定TXT染色体注释为每个IDS领域从输入文件列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：start_column
Specify the column from the input txt file with genomic start position for each genomic element. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
指定TXT基因的起始位置与每个基因组元素从输入文件列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：end_column
Specify the column from the input txt file with genomic end position for each genomic element. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
从每个基因组元素的基因组结束位置输入TXT文件的指定列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：strand_column
Specify the column from the input txt file with genomic strand mapping for each genomic element. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
从每个基因组元素的基因链映射输入TXT文件中指定的列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：chromosomesNumbers
Numeric vector to specify the list of numeric values to be associated to each chromosome (especially useful for chromosomes not associated to a number such as chr X or Y)  
数字矢量指定数值的列表，要关联到每个染色体（尤其是不相关的一个数，如CHR X或Y染色体）


参数：chromosomesLabels
Character vector to specify the list of character labels to be associated to each chromosome (especially useful for chromosomes not associated to a number such as chr X or Y)  
特征向量来指定要关联到每个染色体（尤其是不相关的一个数，如CHR X或Y染色体的有用字符标签列表）


参数：chromosomesLabelsInput
Character vector to specify the list of character labels  associated to each chromosome in the input file. Particularly useful when non numeric character strings are associated to eacforh chromosome in the input file: e.g. "chr3" for chromosome "3".  
特征向量来指定输入文件中的每个染色体相关的字符的标签列表。时特别有用非数字字符的字符串相关，eacforh输入文件中的染色体例如： “chr3”染色体“3”。


参数：MinusStrandString
Character string used to identify minus strand in the input text file  
字符串在输入文本文件用于识别负链


参数：PlusStrandString
Character string used to identify plus strand in the input text file  
字符串在输入文本文件用于标识加链


参数：optionalAnnotationsColumns
Character vector of columns headers or numeric vector of columns indices to specify columns of the input file containing additional annotation fields  
字符列头或列指标数值向量，指定输入文件包含额外的注释字段的列向量


参数：reference_position_type
Character string to specify which genomic coordinate must be used as reference position for PREDA analysis. See also "GenomicAnnotations2GenomicAnnotationsForPREDA"  
字符串指定普雷达分析作为参考位置的基因坐标必须使用。还可以看"GenomicAnnotations2GenomicAnnotationsForPREDA"


参数：...
any other parameter for read.table function that could be useful for parsing the input file, such as "sep", "quote", "header", "na.strings" and other parameters.  
任何其他read.table功能参数解析输入文件，如“九月”，“引用”，“头”，“na.strings”和其他参数，这可能是有用的。


值----------Value----------

An object of class "GenomicAnnotationsForPREDA"
一个对象的类"GenomicAnnotationsForPREDA"


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




参见----------See Also----------

"GenomicAnnotationsForPREDA"
"GenomicAnnotationsForPREDA"


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]

data(PREDAsampledata)
CNdataPath <- system.file("sampledata", "CopyNumber", package =
"PREDAsampledata")
CNannotationFile <- file.path(CNdataPath , "SNPAnnot100k.csv")

CNGenomicsAnnotations<-GenomicAnnotationsForPREDAFromfile(
  file=CNannotationFile,
  ids_column=1,
  chr_column="Chromosome",
  start_column=4,
  end_column=4,
  strand_column="Strand",
  chromosomesLabelsInput=1:22,
  MinusStrandString="-", PlusStrandString="+",
  optionalAnnotationsColumns=c("Cytoband", "Entrez_gene"),
  header=TRUE, sep=",", quote="\"", na.strings = c("NA", "",
  "---"))


  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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