hgParams(ppiStats)
hgParams()所属R语言包：ppiStats
A wrapper function to build a parameter class for the
一个包装函数，建立一个参数类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function takes a gene set and conducts test for either over or under representation of some category using the Hypergeometric distribution.
这个函数接受一个基因组，无论高于或低于某些类别的代表性，使用超几何分布进行测试。
The two differences when building the parameter classes are that a conditional test can be performed on the GO dag but not on PFAM categories and an ontology can be assigned to GO but not to PFAM.
建立参数的类时，这两个差异是对GO达格但不PFAM类别进行测试，有条件的可以和本体可以去，但不PFAM分配。
用法----------Usage----------
ppiBuildParams4GO(geneSet, universe, direction="over", annot="org.Sc.sgd",
ontology = "CC", cond=TRUE, pThresh = 0.01)
ppiBuildParams4PFAM(geneSet, universe, annot ="org.Sc.sgd",
direction = "over", pThresh=0.01)
参数----------Arguments----------
参数：geneSet
A character vector of genes given by the gene locus name.
一个基因位点的名称定的基因特征向量。
参数：universe
The set of genes by which the geneSet is tested against for over/under representation. The genes are also given by the gene locus names.
其中geneSet是针对以上/下表示测试的一组基因。基因也给定的基因位点的名称。
参数：direction
A character. This parameter can be either set to over or under when testing for GO categories.
一个字符。这个参数可以被设定为高于或低于GO类别的测试。
参数：annot
A character. The annotation package used.
一个字符。注释包使用。
参数：ontology
A character: either CC, MF, or BP to describe the GO ontology.
字符：要么消委会，MF或BP描述的GO本体。
参数：cond
A logical. To test within the CO dag, a conditional hypergeometric test can be conducted.
一个逻辑。内CO达格测试，有条件的超几何测试可以进行。
参数：pThresh
A numeric. A p-value threshold by which the null hypothesis is rejected.
一个数字。 p值阈值由零假设被拒绝。
值----------Value----------
A object of class hyperGParams.
一类hyperGParams对象。
作者（S）----------Author(s)----------
T Chiang
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 11:17:38
