R语言 ppiStats包 bpMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bpMatrix(ppiStats)
bpMatrix()所属R语言包：ppiStats

                                        This function generates the Bait-Prey Matrix for an
                                         这个函数生成一个诱饵捕食矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes in experimental ppi data and generates the bait to prey adjacency matrix.
此功能需要在实验的PPI数据和猎物的邻接矩阵生成的诱饵。


用法----------Usage----------


bpMatrix(y2h, symMat = TRUE, homodimer = FALSE, baitAsPrey = FALSE,
              unWeighted=TRUE, onlyRecip=FALSE, baitsOnly=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：y2h
A named list of character vectors.  The names of the list correspond to the baits used in the experimental technology. The  entries of the character vectors are those  proteins found as prey or a character(0) if  the bait did not find any prey.
一个字符向量命名名单。名单上的名字对应的实验技术使用的诱饵。特征向量的条目，发现猎物或字符（0）的蛋白质，如果诱饵没有发现任何猎物。


参数：symMat
A logical, if TRUE, the matrix will be square with all the proteins documented in the experiment indexing both the row and column; if FALSE, only the baits index the rows, preys the columns.
一个逻辑，如果为TRUE，矩阵会在实验中索引的记录行和列的所有蛋白质平方米;如果为FALSE，只有诱饵指数行，捕食列。


参数：homodimer
A logical. If TRUE, the matrix will record the presence of homodimers; if FALSE, all homodimers data will be deleted.
一个逻辑。如果是TRUE，矩阵将记录二聚体的存在，如果为FALSE，所有二聚体的数据将被删除。


参数：baitAsPrey
A logical; if TRUE, the columns will be indexed by both the bait and prey population while the rows will remain indexed by the baits exclusively.
一个逻辑，如果为TRUE，列将诱饵和猎物人口将继续由专门的毒饵索引索引而行。


参数：unWeighted
A logical. If TRUE, the entries of the adjacency will be  binary (0,1) which records the presence of interactions or not. If FALSE, the entries of the matrix will be a natrual number to record the  multiplicity of the interaction found by the experiment.
一个逻辑。如果是TRUE，邻接条目将是二进制（0,1）记录的相互作用或不存在的。如果为FALSE，矩阵的作品将是一个自然科学的编号，以记录通过实验发现，互动的多重性。


参数：onlyRecip
A logical. If TRUE, the adjacency matrix will be restricted  to only those interactions which are symmetric.
一个逻辑。如果是TRUE，邻接矩阵将被限制只有那些是对称的相互作用。


参数：baitsOnly
A logical. If TRUE, the matrix will be indexed by the baits for both the rows and columns. If baitsOnly is TRUE, then baitsAsPrey must also be TRUE and symMat must be FALSE
一个逻辑。如果是TRUE，矩阵将被索引由行和列的诱饵。如果baitsOnly为TRUE，然后baitsAsPrey也必须是TRUE和symMat必须是FALSE


Details

详情----------Details----------

It is important to note that the weight of each directed edge is recorded by the number of instances bait b finds prey p.
重要的是要注意每个定向边的重量由实例诱饵b记录，发现猎物带够。


值----------Value----------

An adjacency matrix with weighting. The rows are indexed by those proteins sampled as baits (if symMat is true, only those rows with non-trivial row sums were sampled as baits) and the colunms are indexed by proteins detected as baits (et cetera).
与加权邻接矩阵。这些蛋白质作为诱饵（如symMat是真实的，只有那些不平凡的行款项的行为诱饵采样）采样和colunms蛋白检测作为诱饵（等等）索引中的行的索引。


作者（S）----------Author(s)----------


T Chiang



举例----------Examples----------


library(ppiData)
data(y2hSysGW)
eg <- y2hSysGW[2:4]
lapply(eg, bpMatrix)

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