R语言 plw包 topRankSummary()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

topRankSummary(plw)
topRankSummary()所属R语言包：plw

                                        Return or plots analysis result for top ranking or selected probe sets
                                         返回或图的分析结果排名第一或选定的探针组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Returns (or plots) t-statistic and/or log2FC for each probe and median for each probe set. P
（或图）返回t-统计量和/或log2FC每个探针，每个探针组的中位数。 P级


用法----------Usage----------



plotSummaryLog2FC(model,nGenes=50,genesOfRank=1:nGenes,genes=NULL)
plotSummaryT(model,nGenes=50,genesOfRank=1:nGenes,genes=NULL)
topRankSummary(model,nGenes=50,genesOfRank=1:nGenes,genes=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：model
On object obtained from the function plw.
从功能PLW对象上。


参数：nGenes
Gives summary for the nGenes top ranking genes
给人的的nGenes一流基因的总结


参数：genesOfRank
Gives summary for genes ranked genesOfRank
给出排名genesOfRank基因摘要


参数：genes
Gives summary for specific genes.
给出特定基因的总结。


作者（S）----------Author(s)----------


Magnus <i>A</i>strand



参见----------See Also----------

plw
PLW


举例----------Examples----------



# ------------------------------------------[------------------------------------------]
# Example using the result of the analysis of[例如，使用的分析结果]
# the 6 arrays in the AffySpikeU95Subset data set[6阵列在AffySpikeU95Subset数据集]

# Loading the data[加载数据]
data(AffySpikeU95Subset)

# Defining design and contrast matrix[定义设计和对比矩阵]
group<-factor(rep(1:2,each=3))
design<-model.matrix(~group-1)
contrast<-matrix(c(1,-1),1,2)

# Analyzing using plw[分析使用PLW]
model1<-plw(AffySpikeU95Subset,design=design,contrast=contrast,
            epsilon=0.01)

## Selecting top genes[＃选择顶部的基因]
topRankSummary(model1,nGenes=10)

## Plotting t-statistics and log2FC for top genes[＃顶级基因绘制的t-统计量和log2FC]
par(mfrow=c(1,2))
plotSummaryT(model1,nGenes=20)
plotSummaryLog2FC(model1,nGenes=20)

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