R语言 plgem包 plgem.pValue()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plgem.pValue(plgem)
plgem.pValue()所属R语言包：plgem

                                        Computation of PLGEM p-values
                                         PLGEM p值的计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes p-values for observed PLGEM signal-to-noise ratio (STN) values (typically obtained via a call to plgem.obsStn) from resampled STN values (typically obtained via a call to plgem.resampledStn).
此函数计算p值观测PLGEM信号信噪比（STN）的值（通常是通过调用获得plgem.obsStn）重新取样的STN值（通常是调用plgem.resampledStn通过获得）。


用法----------Usage----------


  plgem.pValue(observedStn, plgemResampledStn, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：observedStn
list containing a matrix of observed PLGEM-STN values; output of function plgem.obsStn.
list含有观测PLGEM-STN值matrix的;输出功能plgem.obsStn。


参数：plgemResampledStn
list containing a matrix of resampled PLGEM-STN values; output of function plgem.resampledStn.
list包含matrix重新取样PLGEM-STN价值观;输出功能plgem.resampledStn。


参数：verbose
logical; if TRUE, comments are printed out while running.
logical;如果TRUE评论打印出来，而运行。


Details

详情----------Details----------

The p-value of each given observed STN value is computed based on the quantile that the given value occupies in the corresponding distribution of resampled PLGEM-STN values, based on the following relationship:
每一个给定的观测STN值p值的计算基于给定值，在重新取样PLGEM-STN基于以下关系值，相应的分布中占有的分量：


值----------Value----------

A matrix with the same dimensions and dimnames as the input observedStn$PLGEM.STN, where each entry represents the p-value of the corresponding observed PLGEM-STN value.
一个matrix同dimensions和dimnames输入observedStn$PLGEM.STN，其中每个条目都代表了相应的观测值PLGEM-STN的p值。


作者（S）----------Author(s)----------



Mattia Pelizzola <a href="mailto:mattia.pelizzola@gmail.com">mattia.pelizzola@gmail.com</a>

Norman Pavelka <a href="mailto:normanpavelka@gmail.com">normanpavelka@gmail.com</a>




参考文献----------References----------

Ricciardi-Castagnoli P. A power law global error model for the identification of differentially expressed genes in microarray data. BMC Bioinformatics. 2004 Dec 17; 5:203; http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/203.
Florens L, Washburn MP. Statistical similarities between transcriptomics and quantitative shotgun proteomics data. Mol Cell Proteomics. 2008 Apr; 7(4):631-44; http://www.mcponline.org/cgi/content/abstract/7/4/631.

参见----------See Also----------

plgem.fit, plgem.obsStn, plgem.resampledStn, plgem.deg, run.plgem
plgem.fit，plgem.obsStn，plgem.resampledStn，plgem.deg，run.plgem


举例----------Examples----------


  data(LPSeset)
  LPSfit <- plgem.fit(data=LPSeset)
  LPSobsStn <- plgem.obsStn(data=LPSeset, plgemFit=LPSfit)
  head(LPSobsStn[["PLGEM.STN"]])
  set.seed(123)
  LPSresampledStn <- plgem.resampledStn(data=LPSeset, plgemFit=LPSfit)
  LPSpValues <- plgem.pValue(LPSobsStn, LPSresampledStn)
  head(LPSpValues)

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