R语言 plateCore包 setControlGates()函数中文帮助文档(中英文对照)

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setControlGates(plateCore)
setControlGates()所属R语言包：plateCore

                                         Create control gates for a flowPlate
                                         控制闸门为flowPlate创建

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to estimate the threshold between positive and negative cells. This threshold corresponds to a one-dimensional gate, and cells above the gate are considered positive. The default value of numMads=5 generally works well on the  linear scale, but will need to be adjusted for transformed data. If each well contains a large number of events for the cell type of interest (>1000), then using the 99.5th quantile usually gives similar values.
函数估计的正面和负面的单元之间的阈值。此阈值对应到一维的门，门以上的单元被认为是积极的。默认值numMads=5一般运作良好的线性度，但将需要转换的数据调整。如果每个包含了大量感兴趣的单元类型（1000）的事件，然后使用99.5th位数通常给出了类似的价值观。


用法----------Usage----------


setControlGates(data, gateType, threshType="MAD", numMads=5, isoquantile=.995, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
A flowPlate  
一个flowPlate


参数：gateType
The type of gate to be set. Currently only "Negative.Control" gates are supported.  
门式设置。目前只有“Negative.Control”盖茨支持。


参数：threshType
Values can be either "MAD", for median absolute deviation based gating, or "isoQuant" for quantile based gating.  
值可以是“疯狂”，为中位数绝对偏差的门，或“等产量线”的分量基于门。


参数：numMads
Number of median absolute deviations above the median to set the initial gate.  
设置初始门以上的中位数绝对偏差的中位数的号码。


参数：isoquantile
Quantile setting for "isoQuant" threshType.  
“等产量线”threshType位数设置。


参数：...
optional arguments.
可选参数。


值----------Value----------

Returns a flowPlate
返回flowPlate


作者（S）----------Author(s)----------


Errol Strain



举例----------Examples----------


library(plateCore)
data(plateCore)

## Get the lymphocytes[＃获取淋巴单元]
rectGate <- rectangleGate("FSC-H"=c(300,700),"SSC-H"=c(50,400))
pbmcPlate <- Subset(pbmcPlate, rectGate)

# Create a flowPlate from the sample data in plateCore[从在plateCore的样本数据，创建1 flowPlate]
fp <- flowPlate(pbmcPlate,wellAnnotation,plateName="P1")

# Create a set of negative control gates and then apply them[创建了一套负控制闸门，然后将它们应用]
fp <- setControlGates(fp,gateType="Negative.Control")

# There should now be a Negative.Control.Gate column in wellAnnotation[现在应该有在wellAnnotation Negative.Control.Gate列]
head(wellAnnotation(fp))

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