R语言 pint包 summarize.region.parameters()函数中文帮助文档(中英文对照)

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summarize.region.parameters(pint)
summarize.region.parameters()所属R语言包：pint

                                        Summarize overlapping models.
                                         总结重叠模型。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a chromosomal region, summarize the model parameters from overlapping models. This heuristics gives a brief summary on average sample and probe effects within the region and aids interpretation. If multiple alteration profiles are detected within the region, the models are grouped and summarization is applied
鉴于一个染色体区域重叠模型，总结了模型参数。这种启发式简要上的平均抽样和探针的影响，区域内和艾滋病的解释。如果有多个变更型材检测区域内，模特们分组和汇总应用


用法----------Usage----------


summarize.region.parameters(region.genes, model, X, Y, grouping.th = 0.9, rm.na = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：region.genes
A vector of gene names determining the investigated region.
向量的基因确定调查区域的名称。


参数：model
Object of ChromosomeModels or GenomeModels class.
对象ChromosomeModels或GenomeModels类。


参数：X
Data object. See help(screen.cgh.mrna). For instance, geneExp from our example data set.
数据对象。请参阅帮助（screen.cgh.mrna）。例如，从我们的示例数据集geneExp。


参数：Y
Data object. See help(screen.cgh.mrna). For instance, geneCopyNum from our example data set.
数据对象。请参阅帮助（screen.cgh.mrna）。例如，从我们的示例数据集geneCopyNum。


参数：grouping.th
Similarity threshold for joining neighboring models.
加入周边模型的相似性阈值。


参数：rm.na
Remove genes with NA values from the output.
取出基因与输出的NA值。


Details

详情----------Details----------

Grouping of the models is based on heuristics where highly correlating models (>grouping.th) are merged. Will be improved
分组的模型是基于启发式高度关联模型（> grouping.th）合并。将得到改善


值----------Value----------


参数：z
Mean sample effects, averaged over the overlapping models for each sample.
意味着样品的影响，平均每个样品的重叠模型。


参数：W
Mean probe effects, averaged over the overlapping models for each probe. This is a list with elements X, Y, corresponding to the two data sets.   
意味着探针的影响，平均每个探针的重叠模型。这是一个元素，X，Y，对应的两个数据集的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Leo Lahti <a href="mailto:leo.lahti@iki.fi">leo.lahti@iki.fi</a>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


#  tmp &lt;- summarize.region.parameters(top.region.genes, model, geneExp, geneCopyNum)[TMP < -  summarize.region.parameters（top.region.genes，模型，geneExp，geneCopyNum）]
#  wx &lt;- tmp$W$X[WX < -  TMP $ W $ x]
#  z &lt;- tmp$z[Z < -  TMP $ Z]

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