pickgene(pickgene)
pickgene()所属R语言包：pickgene
Plot and Pick Genes based on Differential Expression
根据图和匹克基因差异表达
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function picks plots the average intensity versus linear contrasts (currently linear, quadratic up to cubic) across experimental conditions. Critical line is determine according to Bonferroni-like multiple comparisons, allowing SD to vary with intensity.
功能选择图跨越的实验条件与线性对比（目前线性，二次立方）的平均强度。临界线是根据邦弗朗尼般的多重比较确定，允许的SD与强度的不同而有所差异。
用法----------Usage----------
pickgene(data, geneID = 1:nrow(data), overalllevel = 0.05,
npickgene = -1, marginal = FALSE, rankbased = TRUE,
allrank = FALSE, meanrank = FALSE, offset = 0,
modelmatrix = model.pickgene(faclevel, facnames,
contrasts.fac, collapse, show, renorm), faclevel =
ncol(data), facnames =
letters[seq(length(faclevel))], contrasts.fac =
"contr.poly", show = NULL, main = "", renorm = 1,
drop.negative = FALSE, plotit = npickgene < 1, mfrow
= c(nr, nc), mfcol = NULL, ylab = paste(shownames,
"Trend"), ...)
参数----------Arguments----------
参数：data
data matrix
数据矩阵
参数：geneID
gene identifier (default 1:nrow(x))
基因标识（默认1:nrow(x)）
参数：overalllevel
overall significance level (default 0.05)
整体显着性水平（默认0.05）
参数：npickgene
number of genes to pick (default -1 allows automatic selection)
基因的数量来接（默认的-1允许自动选择）
参数：marginal
additive model if TRUE, include interactions if FALSE
添加剂，如果真实的模型，包括相互作用，如果为FALSE
参数：rankbased
use ranks if TRUE, log tranform if FALSE
如果真使用行列，如果为FALSE登录变换的
参数：allrank
rank all chips together if true, otherwise rank separately
排名所有芯片一起，如果属实，否则单独排名
参数：meanrank
show mean abundance as rank if TRUE
显示平均丰度为排名如果为TRUE
参数：offset
offset for log transform
log变换抵消
参数：modelmatrix
model matrix with first row all 1's and other rows corresponding to design contrasts; automatically created by call to model.pickgene if omitted
第一行的矩阵模型所有1和相应的设计对比其他行;自动创建呼叫model.pickgene如果省略
参数：faclevel
number of factor levels for each factor
每个因子因子水平
参数：facnames
factor names
因素名称
参数：contrasts.fac
type of contrasts
类型对比
参数：show
vector of contrast numbers to show (default is all)
向量的对比数字显示（默认为全部）
参数：main
vector of main titles for plots (default is none)
向量图的主标题（默认为无）
参数：renorm
vector to renormalize contrasts (e.g. use sqrt(2) to turn two-condition contrast into fold change)
向量renormalize反差（例如使用sqrt(2)变成fold change两个条件相反）
参数：drop.negative
drop negative values in log transform
下降log变换负值的
参数：plotit
plot if TRUE
图如果为TRUE
参数：mfrow
par() plot arrangement by rows (default up to 6 per page; set to NULL to not change)
par()行图安排（每页6默认设置为NULL不改变）
参数：mfcol
par() plot arrangement by columns (default is NULL)
par()列（默认为空）的图安排
参数：ylab
vertical axis labels
垂直轴标签
参数：...
parameters for robustscale
robustscale参数
Details
详情----------Details----------
Infer genes that differentially express across conditions using a robust data-driven method. Adjusted gene expression levels A are replaced by qnorm(rank(A)), followed by robustscale estimation of center and spread. Then Bonferroni-style gene by gene tests are performed and displayed graphically.
推断基因的差异表达整个使用一个强大的数据驱动方法的条件。调整后的基因表达水平A取代qnorm(rank(A))，robustscale中心和蔓延的估计。然后邦弗朗尼式的基因测试基因进行图形显示。
值----------Value----------
Data frame containing significant genes with the following information:
数据框包含以下信息的重要基因：
参数：pick
data frame with picked genes
挑选基因的数据框
参数：score
data frame with center and spread for plotting
数据框中心和蔓延的图
Each of these is a list with elements for each contrast. The pick data frame elements have the following information:
这些是每个对比的元素的列表。 pick数据框元素有以下信息：
参数：probe
gene identifier
基因标识
参数：average
average gene intensity
基因平均强度
参数：fold1
positive fold change
正的fold change
参数：fold2
negative fold change
负倍
参数：pvalue
Bonferroni-corrected p-value
邦弗朗尼校正p值
The score data frame elements have the following:
score数据框元素有以下几种：
参数：x
mean expression level (antilog scale)
平均表达水平（反对数规模）
参数：y
contrast (antilog scale)
对比度（反对数刻度）
参数：center
center for contrast
作为对比中心
参数：scale
scale (spread) for contrast
对比规模（传播）
参数：lower
lower test limit
较低的测试极限
参数：upper
upper test limit
上测试极限
作者（S）----------Author(s)----------
Yi Lin and Brian Yandell
参考文献----------References----------
“Robust Data-Driven Inference for Gene Expression Microarray Experiments,” Technical Report, Department of Statistics, UW-Madison.
参见----------See Also----------
pickgene
pickgene
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
pickgene( data )
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-26 11:06:54
