R语言 pickgene包 oddsplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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oddsplot(pickgene)
oddsplot()所属R语言包：pickgene

                                        Odds Plot for Differential Microarray Expression
                                         差分赔率图解表达谱

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function plots contours for the odds that points on microarray show differential expression between two conditions (e.g. Cy3 and Cy5 dye channels on the same microarray).
函数曲线轮廓的微阵列点的赔率显示两个条件（如Cy3和Cy5染料在同一芯片渠道）之间的差异表达。


用法----------Usage----------


oddsplot(x, y, theta, by.level = 10, rotate = FALSE, offset =
         0, main = "", xlab = xlabs, ylab = ylabs, col = NULL,
         cex = c(0.25, 0.75), shrink = FALSE, lims =
         range(c(x, y)))



参数----------Arguments----------

参数：x
first condition expression levels
第一个条件表达水平


参数：y
second condition expression levels
第二个条件表达水平


参数：theta
four parameters from em.ggb
从em.ggb四个参数


参数：by.level
odds plot contours increase by this level
赔率图轮廓增加这个级别


参数：rotate
rotate to average versus ratio if TRUE, otherwise plot conditions against each other
旋转平均与比如果为TRUE，否则对方暗算的条件


参数：offset
offset for log transform
log变换抵消


参数：main
main title for plot
主标题为图


参数：xlab
horizontal axis label (default if Cy3 if rotate is FALSE, Average Intensity otherwise
横轴标签（默认情况下如果Cy3如果rotate是假的，Average Intensity否则


参数：ylab
vertical axis label (default if Cy5 if rotate is FALSE, Cy3 / Cy5 otherwise
垂直轴标签（默认情况下如果Cy5如果rotate是假的，Cy3 / Cy5否则


参数：col
color of points (if NULL, use black for non-changing points, blue for changing points)
色点（如果为NULL，非变化点使用黑色，蓝色改变点）


参数：cex
character expansion (use rep(.25,2) to have all points the same size)
字符扩展（使用rep(.25,2)有同样大小的所有点）


参数：shrink
use shrinkage on expression levels if TRUE (default is FALSE)
使用表达水平收缩，如果TRUE（默认是FALSE）


参数：lims
limits for plot area
图面积的限制


Details

详情----------Details----------

Fit Gamma/Gamma/Bernoulli model (equal marginal distributions) The model has spot intensities x ~ Gamma(a,b); y ~ Gamma(a,c). The shape parameters b and c are ~ Gamma(a0,nu). With probability p, b = c; otherwise b != c. All spots are assumed to be
适合伽马/伽玛/伯努利模型（等于边际分布）模型有现货强度X~伽玛（A，B）; Y~伽玛（A，C）。形状参数b和c~伽玛（A0，NU）。以概率p，B = C;否则B = C。所有的点都被假定为


值----------Value----------

Log odds for all points in original order.
登录原始订单中的所有点的可能性。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Newton



参考文献----------References----------

Tsui (2000) “On differential variability of expression ratios: improving statistical inference about gene expression changes from microarray data,” J Computational Biology 00: 000-000.

参见----------See Also----------

em.ggb
em.ggb


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
oddsplot( x, y )


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