R语言 phenoTest包 gseaSignaturesVar-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gseaSignaturesVar-class(phenoTest)
gseaSignaturesVar-class()所属R语言包：phenoTest

                                        Class "gseaSignaturesVar"
                                         类“gseaSignaturesVar”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class is an ES (enrichment score) and ES.sim (simulated enrichment score) container that will be used in the GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) process. There is one container for every phenotype. Every one of this containers (of class gseaSignaturesSign) is a container itsef and has the enrichment scores of all signatures. GseaSignaturesVar contains one element per phenotype (phenotypic variable). Every one of this elements is of class gseaSignaturesSign and contains one element per signature.
这个类是一个ES（富集得分）和ES.sim（模拟富集得分的）容器将在，GSEA（基因组富集分析）过程中使用。有一个为每个表型的容器。这个容器中的每一个（类gseaSignaturesSign）是一个容器itsef和所有签名的富集分数。 GseaSignaturesVar包含型的每一个元素（表型变量）。此元素中的每一个类gseaSignaturesSign每个签名包含一个元素。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("gseaSignaturesVar", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("gseaSignaturesVar", ...)。


插槽----------Slots----------




.Data: Object of class "list".
.Data类"list"的对象。




gseaSignatures: Object of class "gseaSignaturesSign" This object contains the enrichment
gseaSignatures：Object类的"gseaSignaturesSign"此对象包含的丰富


延伸----------Extends----------

Class "list", from data part. Class "vector", by class "list", distance 2. Class "AssayData", by class "list", distance 2.
类"list"，从数据的一部分。类"vector"，由类“列表”，距离为2。类"AssayData"，由类“列表”，距离为2。


方法----------Methods----------




getEs signature(x = "gseaSignaturesVar"): Returns the
getEssignature(x = "gseaSignaturesVar")：返回




getEsSim signature(x = "gseaSignaturesVar"): Returns the simulated enrichemt scores (the ones obtained after
getEsSimsignature(x = "gseaSignaturesVar")：返回后获得的模拟（enrichemt分数




getFcHr signature(x = "gseaSignaturesVar"): Returns the fold change and/or the hazard ratio that were used to compute
getFcHrsignature(x = "gseaSignaturesVar")：返回倍的变化和/或危害的比例分别用于计算




gseaSignificance signature(x = "gseaSignaturesVar"): This is the next step in the process of performing GSEA. This
gseaSignificancesignature(x = "gseaSignaturesVar")：这是GSEA执行过程中的下一步。这


作者（S）----------Author(s)----------


Evarist Planet



举例----------Examples----------


showClass("gseaSignaturesVar")

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注：
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