R语言 phenoTest包 eset()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR · 发表于 2012-2-26 11:03:37

eset(phenoTest)
eset()所属R语言包：phenoTest

                                       Example data.
                                       示例数据。

                                       译者：生物统计家园网机器人LoveR

描述----------Description----------

Example data of class ExpressionSet.
例如数据类ExpressionSet。

用法----------Usage----------

data(eset)

格式----------Format----------

The format is: Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] with 7 slots ..@ assayData       :<environment: 0x1050d9390>  ..@ phenoData       :Formal class 'AnnotatedDataFrame' [package "Biobase"] with 4 slots .. .. ..@ varMetadata    :'data.frame': 7 obs. of  1 variable: .. .. .. ..$ labelDescription: chr [1:7] NA NA NA NA ... .. .. ..@ data    :'data.frame': 286 obs. of  7 variables: .. .. .. ..$ PID    : int [1:286] 3 5 6 7 8 9 11 14 15 17 ... .. .. .. ..$ GEOaccession    : Factor w/ 286 levels "GSM36777","GSM36778",..: 17 20 21 22 24 25 58 59 60 61 ... .. .. .. ..$ lymph.node.status: chr [1:286] "negative" "negative" "negative" "negative" ... .. .. .. ..$ Months2Relapse : int [1:286] 101 118 9 106 37 125 109 14 99 137 ... .. .. .. ..$ Relapse  : int [1:286] 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 ... .. .. .. ..$ ER.Status       : num [1:286] 0 1 0 0 0 1 1 0 1 1 ... .. .. .. ..$ BrainRelapse    : int [1:286] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. .. ..@ dimLabels       : chr [1:2] "sampleNames" "sampleColumns" .. .. ..@ .__classVersion__:Formal class 'Versions' [package "Biobase"] with 1 slots .. .. .. .. ..@ .Data

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ist of 1 .. .. .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 0 0 ..@ annotation : chr "hgu133a" ..@ protocolData :Formal class 'AnnotatedDataFrame' [package "Biobase"] with 4 slots .. .. ..@ varMetadata :'data.frame': 0 obs. of 1 variable: .. .. .. ..$ labelDescription: chr(0) .. .. ..@ data :'data.frame': 286 obs. of 0 variables .. .. ..@ dimLabels : chr [1:2] "sampleNames" "sampleColumns" .. .. ..@ .__classVersion__:Formal class 'Versions' [package "Biobase"] with 1 slots .. .. .. .. ..@ .Data

ist of 1 .. .. .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 1 0 ..@ .__classVersion__:Formal class 'Versions' [package "Biobase"] with 1 slots .. .. ..@ .Data

ist of 4 .. .. .. ..$ : int [1:3] 2 12 0 .. .. .. ..$ : int [1:3] 2 10 0 .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 3 0 .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 0 0
格式是：正规类的ExpressionSet“包”BIOBASE“] 7个插槽.. @ assayData：<environment: 0x1050d9390> .. @ phenoData：”包“BIOBASE”] 4个插槽正规类的AnnotatedDataFrame .. .. .. @ varMetadata：“数据框”：7 OBS。 1变量：.. .. .. .. $ labelDescription：CHR [1:7] NA NA NA NA ... .. .. .. @数据：“数据框”：286 OBS。 7个变量：...... .. .. .. $的PID：[1:286] 3 5 6 7 8 9 11 14 15 17 ... .. .. .. .. $ GEOaccession：因子W / 286的水平“GSM36777”，“GSM36778”，..：17 20 21 22 24 25 58 59 60 61 ... .. .. .. .. $ lymph.node.status：CHR [1:286]“负翁”“负”，“负”，“负翁”...... .. .. .. .. $ Months2Relapse：[1:286] 101 118 9 106 37 125 109 14 99 137 ... .. .. .. .. $复发：[1:286] 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 ... .. .. .. .. $ ER.Status：NUM [1:286] 0 1 0 0 0 1 1 0 1 1 ... .. .. .. .. $ BrainRelapse：[1:286] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. .. .. @ dimLabels：CHR [1:2]“sampleNames”的“sampleColumns”...... .. .. @ __classVersion__类的正式版本“[包”BIOBASE“] 1插槽...... .. .. .. 。.. @数据：1 .. .. .. .. .. .. $：INT [1:3] 1 1 0 .. @ featureData：正式类的AnnotatedDataFrame [包“BIOBASE”4个插槽...... .. .. @ varMetadata：“数据框”：16 OBS。 3个变量：...... .. .. CHR .. $专栏：[1:16]“身份证”“GB_ACC”SPOT_ID“，”物种的学名“... .. .. .. ..描述：因素W / 15的水平“，”一个基因符号，一个是可用时（从UniGene的）“，......。3 5 15 13 12 1 11 1 10 14 ... .. .. .. .. $ labelDescription：CHR [1:16] NA NA NA NA ... .. .. .. @数据：“数据框”：1000 OBS。 16个变量：...... .. .. .. $编号：W / 22284因子的水平“1007_s_at”，“1053_at”，..：1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... .. .. .. .. $ GB_ACC因素W / 21129水平“AF052179”的，“AF061832”，..：93 30 95 97 25 24 96 99 28 20 ... .. .. .. .. $ SPOT_ID：CHR [1:1000] NA NA NA NA ... .. .. .. .. $ Species.Scientific.Name因素W / 2级“智人”，..：1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. $ Annotation.Date因素W / 2级“，2007年07月11日”，..：1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. .. .. .. $ Sequence.Type因素W / 4的水平“的共识序列”，..：2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ... .. .. .. .. $ Sequence.Source因素W / 3级“Affymetrix公司专有的数据库”，..：1 2 1 2 1 2 1 1 2 1 ... .. .. .. .. $ Target.Description因素W / 21363水平“的共识包括：AI656011 GB /有限元=东部/ DB_XREF的= GI：4739990 / DB_XREF = EST：tt42e08.x1 /克隆=图片：2243462 / UG的Hs.116875 KIAA0156” | __ truncated__，..：16 13 18 20 8 7 19 22 11 4 ... .. .. .. .. $ Representative.Public.ID因素W / 21197水平“AF052179”，“AF061832”，..：93 30 95 97 25 24 96 99 28 20 ... .. .. .. .. $ Gene.Title因素W / 14208水平“的ADP-核糖基化因子1”，..：35 66 46 60 44 97 96 64 26 33 ... .. .. .. .. $ Gene.Symbol：W / 13293因子的水平“ABCF1”，“ARF1”，..：20 59 40 53 33 96 94 58 15 18 ... .. .. .. .. $ ENTREZ_GENE_ID：CHR [1:1000]“780”“5982”，“3310”，“7849”... .. .. .. .. $ RefSeq.Transcript.ID因子“W / 13074水平NM_000409”，“NM_000661 / / / NM_001024921”，..：37 45 41 52 1 50 49 82 47 4 ... .. .. .. .. $ Gene.Ontology.Biological.Process因素W / 7245水平“，”0000074 / /通过单元周期调控的进展/ /声明/ / / 0006139 / /碱基，核苷，Nu“溯源作者| __truncated__，..：61 22 78 32 79 60 14 63 72 20 ... .. .. .. .. $ Gene.Ontology.Cellular.Component因素W / 4148水平“，”0000502 / /蛋白酶体复合物（意义上的真核生物）/ /溯源作者声明/ / / 0005634 / /核/ /推断从electroni“ | _ truncated__，..：72 45 1 44 1 42 71 6 68 ... .. .. .. .. $ Gene.Ontology.Molecular.Function：W / 7314因子的水平“，”0000049 / / tRNA的结合/ /非溯源作者声明/核苷酸结合/ / 0000166 / / / /从电子annotat推断“ | _ truncated__，..：23 26 27 40 81 18 39 71 74 69 ... .. .. .. @ dimLabels：CHR [1:2]“featureNames”的“featureColumns”...... .. .. @ __classVersion__类的正式版本“[包”BIOBASE“] 1插槽...... .. .. .. 。.. @数据：1 .. .. .. .. .. .. $：INT [1:3] 1 1 0 .. @ experimentData：正式类的MIAME [包“BIOBASE”] 13插槽...... .. .. @名称：CHR“...... .. .. @实验室：CHR“”...... .. .. @联系：CHR“...... .. .. @标题：CHR“...... .. ..摘要：CHR“...... .. .. @网址：CHR“...... .. .. @ pubMedIds的：CHR“...... .. .. @样本：列表（）.. .. .. @杂交列表（）.. .. .. @ normControls的：列表（）.. .. .. @预处理列表（）.. .. .. @其他列表（）。 .. .. @ __classVersion__类的正式版本“[包”BIOBASE“] 1插槽...... .. .. .. 。.. @数据：1 .. .. .. .. .. .. $：INT [1:3] 1 0 0 .. @注释：“hgu133a”CHR .. @ protocolData：正式类的AnnotatedDataFrame“包”BIOBASE“] 4槽...... .. .. @ varMetadata：“数据框”：0 OBS。 1变量：.. .. .. .. $ labelDescription：CHR（0）.. .. .. @数据：“数据框”：286 OBS。 0变量...... .. .. @ dimLabels：CHR [1:2]“sampleNames”的“sampleColumns”...... .. .. @ __classVersion__类的正式版本“[包”BIOBASE“] 1插槽...... .. .. .. 。.. @数据：1 .. .. .. .. .. .. $：INT [1:3] 1 1 0 .. @ __classVersion__类的正式版本“[包”BIOBASE“] 1插槽...... .. 。.. @数据：4 .. .. .. .. $：INT [1:3] 2月12日0 .. .. .. .. $：INT [1:3] 2 10 0 .. .. .. .. $：INT [1:3] 1 3 0 ...... .. .. .. $：INT [1:3] 1 0 0

参考文献----------References----------

(the rest has been removed).

举例----------Examples----------

data(eset)
## maybe str(eset) ; plot(eset) ...[＃也许STR（ESET）;图（ESET）...]

转载请注明:出自生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。

注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。

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