R语言 phenoDist包 enrichAnalysis()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

enrichAnalysis(phenoDist)
enrichAnalysis()所属R语言包：phenoDist

                                         enrichAnalysis
                                         enrichAnalysis

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs enrichment analysis on genes within each cluster, with genes from all clusters as the gene universe.
执行此功能富集分析聚类内每个基因，基因与基因宇宙中的所有聚类。


用法----------Usage----------


enrichAnalysis(x, cl, terms=c('GO','KEGG'), verbose=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.  
imageHTS对象。


参数：cl
A named numeric vector, with names being gene Entrez IDs and values indicating grouping.  
一个名为数字向量，是基因Entrez的ID和值，指示分组名称。


参数：terms
A character string indicating which annotation should be used. This must be (an abbreviation of) one of the strings 'GO' or 'KEGG'.
一个字符串，指示应使用哪个注解。这必须是（缩写）GO或KEGG的字符串之一。


参数：verbose
A logical scalar indicating whether progress should be reported.  
一个逻辑标指示是否应报告进展情况。


参数：...
Additional arguments to be passed to the hyperGTest function of the GOstats package.  
额外的参数将被传递给hyperGTestGOstats包的功能。


Details

详情----------Details----------

Gene enrichment analysis tests whether certain gene annotations (e.g., GO terms or KEGG ids) are enriched in genes of interest, compared with the gene universe. This function is designed to analyze gene enrichment in clusters, with genes in the tested cluster being genes of interest and genes in all clusters being the gene universe.
是否某些基因注释（例如，去条款或KEGG IDS）基因的富集分析富集感兴趣的基因，与基因宇宙的测试。此功能设计的聚类分析测试聚类的兴趣，并在所有宇宙的基因簇的基因的基因的基因，基因的富集。

The Hypergeometric test is performed by the hyperGTest function of the GOstats package. Please refer to hyperGTest for additional arguments.
超几何测试是由hyperGTestGOstats包的功能。额外的参数，请参阅hyperGTest。


值----------Value----------

A list of HyperGResult instances.
HyperGResult实例列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Xian Zhang



参见----------See Also----------

GOstats, clusterDist
GOstats，clusterDist


举例----------Examples----------



## see clusterDist.[＃见clusterDist。]


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。