R语言 PGSEA包 convertSmc()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

convertSmc(PGSEA)
convertSmc()所属R语言包：PGSEA

                                         Convert Entrez ID based "smc" object
                                         根据“SMC”对象转换Entrez的ID

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will convert the Entrez IDs of an smc object to the corresponding Entrez IDs from a different species. Data from the homologene project is downloaded and used within this function.
此功能将转换Entrez的的SMC对象的标识Entrez的相应标识，从不同的物种。数据下载从homologene项目，并在此功能中使用。


用法----------Usage----------


convertSmc(mcs, fromSpecies = "h", toSpecies = "r",hgX="./homologene.data")



参数----------Arguments----------

参数：mcs
a list of "smc" objects
“SMC”对象名单


参数：fromSpecies
character - a single letter describing the species to convert from ie, h=human, r= rat, etc..
字符 - 一个字母描述的物种转换即H =人力，R =鼠等。


参数：toSpecies
character - a single letter describing the species to convert to ie, h=human, r= rat, etc..  
字符 - 一个字母描述的物种转换，即H =人类，R =鼠等。


参数：hgX
character - file name of homologene data file  
字符 -  homologene数据文件的文件名


Details

详情----------Details----------

This function will not work if you have not downloaded the homologene data file. Please use this command to do so: download.file("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/HomoloGene/current/homologene.data",destfile="homologene.data",mode="wb")
此功能将无法正常工作，如果你还没有下载文件homologene数据。请使用此命令，这样做的：


值----------Value----------

a list of converted "smc" objects
转换“SMC”的对象名单


作者（S）----------Author(s)----------


Karl Dykema <karl.dykema@vai.org>



举例----------Examples----------



## Not run: [＃无法运行：]
        download.file("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/HomoloGene/current/homologene.data",destfile="homologene.data",mode="wb")
       
        datadir <- system.file("extdata", package = "PGSEA")
        sample <- readGmt(file.path(datadir, "sample.gmt"))
       
        converted <- convertSmc(sample[1:2],"h","r")
        str(converted)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。