R语言 pdInfoBuilder包 AffySNPPDInfoPkgSeed-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AffySNPPDInfoPkgSeed-class(pdInfoBuilder)
AffySNPPDInfoPkgSeed-class()所属R语言包：pdInfoBuilder

                                        Class "AffySNPPDInfoPkgSeed"
                                         类“AffySNPPDInfoPkgSeed”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class represents Platform Design (PD) packages for Affymetrix mapping (SNP chip) arrays.
这个类表示Affymetrix的映射（SNP的芯片）阵列平台的设计（PD）封装。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("AffySNPPDInfoPkgSeed", splineParamFile, crlmmInfoFile, referenceDistFile, ...).
创建对象可以通过检测的形式new("AffySNPPDInfoPkgSeed", splineParamFile, crlmmInfoFile, referenceDistFile, ...)。


插槽----------Slots----------




splineParamFile: Spline parameters file used to compute the
splineParamFile：用来计算的样条参数文件




crlmmInfoFile: Data file containing regions data used
crlmmInfoFile：数据文件包含区域的数据使用




referenceDistFile: Reference distribution file used in
referenceDistFile：参考分发文件




cdfFile: CDF file for the design.
cdfFile：民防部队的设计文件。




csvAnnoFile: Affymetrix CSV Annotation file.
csvAnnoFile：Affymetrix公司CSV批注文件。




csvSeqFile: Affymetrix Probe Sequence file.
csvSeqFile：Affymetrix的探针序列文件。




chipName: Name of the chip or platform
chipName：芯片或平台的名称




manufacturer: chip/platform manufacturer
manufacturer：芯片/平台制造商




url: chip URL
url：芯片网址




genomebuild: The genome build this platform is based
genomebuild：建立这个平台是基于基因组




organism:  organism for chip.
organism：生物芯片。




species:  species for chip.
species：种芯片。




version: A character vector giving the version
version：一个特征向量，给人的版本




license: The license of the package
license：包许可证




author: Author of the package
author：包作者




email: An email address to use in the Maintainer field
email：在保持领域使用的电子邮件地址




biocViews: Character data for the biocViews field of
biocViews：的biocViews场的字符数据


方法----------Methods----------




chipName signature(object = "AffySNPPDInfoPkgSeed"): ...
chipNamesignature(object = "AffySNPPDInfoPkgSeed")...




getGeometry signature(object = "AffySNPPDInfoPkgSeed"): ...
getGeometrysignature(object = "AffySNPPDInfoPkgSeed")：...




makePdInfoPackage signature(object = "AffySNPPDInfoPkgSeed"): ...
makePdInfoPackagesignature(object = "AffySNPPDInfoPkgSeed")...


注意----------Note----------

*IMPORTANT* The user is strongly advised to download Affymetrix SNP packages from BioConductor.
*重要*用户强烈建议从BioConductor下载的Affymetrix公司的SNP包。

The files used for slots splineParamFile, crlmmInfoFile, and referenceDistFile are generated by the Bioconductor project for each chip/platform and are hosted in our svn data repository at https://hedgehog.fhcrc.org/bioc-data/trunk/annotation/parms_store. When makePdInfoPackage is run, these files are simply copied to the inst/extdata directory of the generated package.
的插槽使用的文件splineParamFile，crlmmInfoFile，referenceDistFile生成每个芯片由Bioconductor项目的/平台，并在我们的SVN数据仓库在https://hedgehog.fhcrc主办.org / bioc数据/主干/注释/ parms_store。当makePdInfoPackage运行时，这些文件直接复制到生成的包目录inst/extdata。


举例----------Examples----------


showClass("AffySNPPDInfoPkgSeed")

cdfFile <- "Mapping250K_Nsp.cdf"
csvAnno <- "Mapping250K_Nsp_annot.csv"
csvSeq <- "Mapping250K_Nsp_probe_tab"

spline <- "pd.mapping250k.nsp.spline.params.rda"
refd <- "pd.mapping250k.nspRef.rda"
crlmmInf <- "pd.mapping250k.nspCrlmmInfo.rda"

pkg <- new("AffySNPPDInfoPkgSeed",
           version="0.1.5",
           author="A. U. Thor", email="au@thor.net",
           biocViews="AnnotationData",
           genomebuild="NCBI Build 35, May 2004",
           cdfFile=cdfFile, csvAnnoFile=csvAnno, csvSeqFile=csvSeq,
           splineParamFile=spline, crlmmInfoFile=crlmmInf,
           referenceDistFile=refd)

showMethods(classes=class(pkg))

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