R语言 PCpheno包 ppiInteract()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ppiInteract(PCpheno)
ppiInteract()所属R语言包：PCpheno

                                        Test the association between AP-MS data and phenotype
                                         测试AP-MS的数据和表型之间的关联

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Test the association between AP-MS data and phenotype data via a graph and permutation model.
测试AP-MS的数据和表型数据通过图形和置换模型之间的关联。


用法----------Usage----------


ppiInteract(genename, expGraph, bait, prey, perm=10)



参数----------Arguments----------

参数：genename
Genes associated to a phenotype
表型相关的基因


参数：expGraph
A graphNEL object (a direct graph instance of classgraph). The nodes are the union of viable baits (VB) and viable prey (VP) of the experiment (see package ScISI)
graphNEL对象（图一类的直接实例graph）。节点是可行的诱饵联盟（VB）和实验（副总裁）（见包ScISI可行的猎物）


参数：bait
Proteins which was sampled as a bait in the binary relationship
作为诱饵采样的二元关系的蛋白质


参数：prey
Proteins which was sampled as a prey in the binary relationship
作为猎物的二元关系中的蛋白质样本


参数：perm
Number of permutation
置换数


值----------Value----------

The returned value is a list:
返回值是一个列表：


参数：Observed
Observed values
观测值


参数：Expected
Expected values after each permutation
每个置换后的预期值


作者（S）----------Author(s)----------


R. Gentleman and N. LeMeur



参见----------See Also----------

ScISI
ScISI


举例----------Examples----------


data(ScISI)
data(essglist)
s1 <- ppiInteract(names(essglist), Gavin2002BPGraph, viableBaits[[8]],
       viablePrey[[8]], perm=10)

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